Родился и вырос в крестьянской семье. В восемнадцать лет поступил в Литовскую государственную консерваторию (класс Д. Тамулявичуте и В. Чибираса), через год поступил в ГИТИС на режиссёрское отделение к А. А. Гончарову.
После окончания учёбы работал в Каунасском драматическом театре (1979—1980), после чего вернулся в вильнюсский Молодежный театр (1978—1992). В 1998 году создал свой театр «Мено Фортас». Бессменными художниками спектаклей Някрошюса являются его жена Надежда Гультяева и сын Мариус Някрошюс.
Каунасский государственный драматический театр
- 1978 — «Легенды Дуокишкиса» («Баллада Дуокишкис») С. Шальтяниса.
- 1978 — «Иванов» А. П. Чехова
Литовский государственный молодежный театр
- 1977 — «Вкус меда» Ш. Дилени (дипломный спектакль)
- 1980 — «Кошка за дверью» Г. Кановича и С. Шальтяниса
- 1980 — «Квадрат» (по документальной повести «А было так» В. Елисеевой)
- 1981 — «Пиросмани, Пиросмани» (по мотивам пьесы В. Н. Коростылёва «Праздник одиночества»)
- 1982 — «Любовь и смерть в Вероне» К. Антанелиса и С. Геды (рок-опера по «Ромео и Джульетте» У. Шекспира)
- 1983 — «И дольше века длится день» по Ч. Айтматову. Государственная Премия РСФСР.
- 1986 — «Дядя Ваня» А. П. Чехова
- 1991 — «Нос» по Н. В. Гоголю
Литовский международный фестиваль «Лайф»
- 1994 — «Моцарт и Сальери. Дон Жуан. Чума» (по «Маленьким трагедиям» А. С. Пушкина)
- 1995 — «Три сестры» А. П. Чехова
- 1996 — «Любовь и смерть в Вероне» К. Антанелиса и С. Геды (новая редакция)
- 1997 — «Гамлет» У. Шекспира (в главной роли — рок-певец А. Мамонтовас)
«Мено Фортас»
- 1999 — «Макбет» У. Шекспира
- 2001 — «Отелло» У. Шекспира
- 2003 — «Времена года» (две части; по поэме К. Донелайтиса)
- 2004 — «Песнь песней» (по книге Ветхого завета Песнь песней Соломона)
- 2006 — «Фауст» И. В. Гёте
- 2009 — «Идиот» (по роману Ф. М. Достоевского)
- 2012 — «Божественная комедия» Д.Алигьери
Другие театры
- 2001 — «Чайка» А. П. Чехова («Театро Метастазио», Прато, Италия).
- 2002 — «Иванов» А. П. Чехова (театр Аржентино, Рим)
- 2003 — «Вишнёвый сад» А. П. Чехова (антреприза Фонда Станиславского). В ролях: Л. Максакова, Е. Миронов, В. Ильин, А. Петренко.
- 2008 — «Анна Каренина» (по роману Л. Н. Толстого); театр Сторки, Модена (Италия).
- январь 2011 — «Калигула» А. Камю. (Государственный театр наций). В ролях: Евгений Миронов (Калигула), Мария Миронова, Игорь Гордин, Алексей Девотченко
Оперные постановки
- 2002 — «Макбет» Дж. Верди (Театро Коммунале, Флоренция)
- 2003 — «Макбет» Дж. Верди (Большой театр, Москва)
- 2005 — «Борис Годунов» М. П. Мусоргского (Театр Маджо Музикале, Флоренция)
- 2005 — «Дети Розенталя» Л. А. Десятникова (Большой театр)
- 2007 — «Валькирия» Р. Вагнера (Литовский национальный театр оперы и балета)
- 2008 — «Сказание о невидимом граде Китеже и деве Февронии» Н. А. Римского-Корсакова (Большой театр)
- 2010 — «Фауст» Ш. Гуно (Ла Скала, Милан)
- 2011 — «Отелло» Дж. Верди (Литовский национальный театр оперы и балета, Вильнюс, Литва)
Награды
- Большой крест ордена «За заслуги перед Литвой» (3 февраля 2003 года).
- Командорский крест ордена Великого князя Литовского Гядиминаса (10 февраля 1998 года).
- Медаль Независимости Литвы (1 июля 2000 года).