Трифонов является воспитанником екатеринбургского футбольного клуба «Уралмаш». В 2001 году он был отдан в аренду в нижнетагильский «Уралец». Там Евгений провёл довольно удачный сезон, ставший для него последним в большом футболе, так как он принял предложение екатеринбургского мини-футбольного клуба «ВИЗ-Синара».
Трифонову удалось проявить себя в составе екатеринбургской команды. После нескольких лет удачной игры он привлёк к себе внимание тренеров сборной России по мини-футболу. Евгений входил в расширенный список кандидатов в состав сборной на чемпионат Европы 2005 года, ездил с ней на сборы, однако на европейское первенство в итоге не поехал.
В 2005 году Трифонов перешёл в югорский клуб «ТТГ-Ява». Там он провёл четыре сезона, пока летом 2009 года не перешёл в «Тюмень». В 2010 году он помог сибирякам завоевать первые медали чемпионата в их истории.