Сын священника Ярославской губернии окончил в 1835 году курс Санкт-Петербургской Духовной Академии со степенью магистра. Два года преподавал в Тверской Духовной Семинарии. В 1838 году был рукоположен во священники к Императорской посольской русской церкви в Копенгагене, а в начале 1842 года был переведён в Лондон. Во время Крымской войны он оставался в Англии и много послужил к поддержке и утешению русских пленных, за что ему была объявлена особая благодарность Императора Николая I. В 1859 году он был избран в корреспонденты Конференции Санкт-Петербургской Духовной Академии, «для доставления полезных сведений об открытиях на Западе, относящихся к духовной учёности».
Хорошо знакомый с английской жизнью, он был душой русской колонии в Англии. Много трудился для ознакомления англичан с Россией и с православной церковью. Евгений Попов был главным консультантом англиканского священника Джона Мэйзона Нила в работе над многотомной Историей Православной Восточной Церкви.
Он является автором следующих работ: