Сын статского советника Людвига Пауля (Александра Павловича) Лансере (1815-1869) (сына майора наполеоновской армии Пауля Лансере, получившего русское подданство) и Элеоноры Антоновны Яхимовской (1824-1856) , воспитанницы баронов Ворнезиус (живших в Моршанске).
Сын и дочь Евгения Александровича — Евгений Евгеньевич и Зинаида Евгеньевна стали художниками, Николай Евгеньевич — архитектором.