Играть начал за команду родного города «Думьят», выступавшей во втором дивизионе Египта. Играл за команду в течение 4-ех сезонов.
В июле 1996 года перешел в лучший египетский клуб — «Аль-Ахли». За клуб выступал на протяжении 12-ти сезонов, выиграв множество титулов как в Египте, так и в Африке.
В 2005 и 2006 годах в составе команды выступал на клубном чемпионате мира по футболу. В 2005 году клуб «Аль-Ахли» уступил в четвертьфинале клубу «Аль-Иттихад» из Саудовской Аравии. В матче за 5-ое место египтяне уступили австралийскому клубу «Сидней» со счетом 1:2. В 2006 году «Аль-Ахли» выступил более удачно. В четвертьфинале был обыгран австралийский «Окленд Сити». В полуфинале со счетом 1:2 «Аль-Ахли» уступил бразильскому «Интернасьоналу». В матче за 3-ье место был обыгран мексиканский клуб «Америка».
На счету аль-Хадари есть забитый гол. В матче за Суперкубок КАФ 2002 года против южноафриканского «Кайзер Чифс» он забил гол со штрафного, сделав счёт 3:1. Итоговый результат — 4:1.
Эссам аль-Хадари занимает седьмое место среди вратарей по длительности «сухой» серии — 1288 минут в период с 28 февраля по 21 августа 2006 года.
Весной 2008 года аль-Хадари воспользовался правилом ФИФА, разрешающим разорвать соглашение с клубом после проведения в нём определённого количества сезонов. Он самовольно покинул клуб и съездил в Швейцарию, чтобы заключить контракт с клубом «Сьон». Египетский клуб отказался признавать юридическую правомочность этого контракта, а болельщики призвали исключить его из команды и сборной Египта. Тем не менее, трансфер состоялся — в апреле 2008 года за 300 тысяч евро стал игроком швейцарской команды.
В «Сьоне» он получил первый номер и сразу стал основным вратарём команды. Дебютировал за команду 20 апреля 2008 года против команды «Нёвшатель Ксамакс». Встреча закончилась со счетом 1:1.
Клуб «Аль-Ахли» обратился в ФИФА с жалобой на то, что аль-Хадари перешёл в «Сьон» с нарушением контракта. В результате голкипер был дисквалифицирован на 4 месяца. Эль-Хадари и «Сьон» должны выплатить «Аль-Ахли» 900 тысяч евро. Также швейцарскому клубу запрещено регистрировать новых футболистов до конца сезона-2009/10.
20 июля 2009 года за 600 тысяч евро футболист перешёл в египетский клуб «Исмаили».
За сборную выступает с 1997 года.
В 1998 году в Буркина-Фасо был вторым голкипером команды. Основным голкипером команды в то время был Надер аль-Сайед. Египет, победив в финале сборную ЮАР, завоевал свой 4-й титул сильнейшей команды Африки.
В 1999 году играл за сборную на Кубке конфедераций. Провёл все три матча в качестве основного вратаря. Египтяне сыграли вничью с Боливией и Мексикой, но в последнем матче уступили Саудовской Аравии.
В 2000 и 2002 годах аль-Хадари участвовал в качестве второго вратаря команды.
На Кубке африканских наций 2006 года Эссам был уже основным голкипером команды. Он стал героем финала — в серии после матчевых пенальти отразил удары Дрогба и Б. Коне. По пенальти 4:2 победили египтяне, завоевав 5-й титул чемпионов Африки.
В 2008 году египтяне защитили свой титул, выиграв в финале у Камеруна. Аль-Хадари был капитаном команды. По итогам турнира попал в символическую сборную турнира.
В 2009 году играл за сборную на Кубке конфедераций. Защищал ворота во всех трех матчах своей команды. Египтяне проиграли Бразилии и США, и выиграли у Италии.