Отец Эрнста Рейтера был морским капитаном и директором навигационной школы. Начиная с 1907 года Эрнст Рейтер обучался в университетах Марбурга, Мюнхена и Мюнстера, где изучал германистику, историю, географию, философию и экономику. Государственный экзамен на звание учителя он сдал в 1912 году в университете Марбурга. В 1912 году Рейтер вступил в Социал-демократическую партию Германии.
В Первую мировую войну Эрнст Рейтер был тяжело ранен и попал в российский плен. Здесь он был активистом в делах бывших пленных немецких солдат, на некоторое время примкнул к большевикам. В апреле 1918 Ленин, Сталин и другие большевистские вожди послали его в Поволжье с целью организации местной администрации поволжских немцев, лояльной новой власти. 30 апреля 1918 Сталин телеграфировал советские власти Саратова о создании Поволжского Комиссариата по немецким делам. Одной из заслуг комиссара-Рейтера был созыв 30 июня 1918 первого в истори Съезда Советов депутатов немецких колоний Поволжья. После 2-го съезда Совета немецких депутатов (20 октября 1918) он уезжает в Москву, на 6-й Всероссийский съезд советов (24 октября 1918). После этого он покидает Россию и возвращается в Германию, охваченную Ноябрьской революцией.
В первые годы Веймарской республики (1919—1921 годы) Рейтер стал одним из ведущих политиков в Коммунистической партии Германии, носил партийное прозвище «Фрисланд» и был председателем партийного округа Берлин-Бранденбург. В качестве представителя левого крыла партии он выступал против участия коммунистов в общенациональной забастовке в знак протеста против Капповского путча и за вооружённое восстание в марте 1921 года. Несмотря на то, что по этим вопросам он находился в оппозиции к председателю Паулю Леви, Рейтер играл в партии весомую роль.
Покинув Коммунистическую партию, Рейтер некоторое время состоял в Независимой социал-демократической партии Германии, а затем вернулся в СДПГ. В 1926 году Рейтер стал членом берлинского магистрата, где отвечал за транспорт. На этой должности он впервые ввёл единый билет для проезда на различных видах общественного транспорта в имперской столице. Рейтер способствовал развитию берлинской подземки, ещё тогда предвидя последствия роста количества личного автотранспорта в Берлине.
С 1931 по 1933 годы Эрнст Рейтер занимал пост обер-бургомистра Магдебурга. Во времена мирового экономического кризиса Рейтер боролся с безработицей и нехваткой жилья, охватившими город. В 1932 году Рейтер стал депутатом рейхстага, в последний раз избранного в результате демократических выборов.
После захвата власти в 1933 году национал-социалистами был освобождён от всех своих постов и дважды интернирован в концентрационный лагерь Лихтенберг близ Торгау - снача в общую камеру, а затем в камеру-одиночку. В лагере подвергся физическим и психическим истязаниям со стороны охранны СС, потерял здоровье. Благодаря международному давлению, организованному английскими квакерами был освобожден. Бежал из Германии в Англию, а затем перебрался в Турцию, где по рекомендации также эмигрировавшего туда немецкого экономиста Фрица Бааде, Рейтер получил место советника министерства экономики. В Анкаре он получил звание профессора градостроительства. В Турции до сих пор высоко ценится вклад Фритца Ройтера в городское планирование, в развитие инфраструктуры городов и приближения их к общеевропейским и мировым стандартам
По окончании Второй мировой войны Рейтер вернулся в Германию и принял участие в местных выборах 1946 года в Берлине и впоследствии вновь возглавил отдел транспорта. В 1947 году Рейтера избирают правящим бургомистром Берлина. Советский Союз отказался признать за ним этот пост, поэтому в 1948 году Рейтер становится правящим бургомистром трёх западных секторов, в следующем году объединившихся в Западный Берлин.
Во время блокады Западного Берлина в 1948—1949 годах Рейтер стал настоящим символом и примером стойкости города. В современную историю Германии вошла речь Эрнста Рейтера на руинах Рейхстага 9 сентября 1948 года, в которой он призвал мировое сообщество не допустить падения Западного Берлина, и которая начиналась словами: «Народы мира! Взгляните на этот город!».
Популярность Рейтера нашла своё отражение в беспримерной победе СДПГ с рекордными 64,5 % на выборах депутатов городского собрания 1948 года, состоявшихся в трёх западных секторах города. В статусе правящего бургомистра Западного Берлина Эрнст Рейтер подписал манифест, учредивший Свободный университет Берлина, и стал первым председателем его попечительского совета. В 1949 году Рейтер получил звание почётного доктора этого университета. В 1951 году после вступления в силу новой конституции Западного Берлина Рейтер был вновь избран правящим бургомистром. 17 апреля 1953 года Рейтер учредил Фонд бургомистра Рейтера, поставивший своей целью поддержку жителей ГДР, бежавших в Западный Берлин.
Рейтер подверг резкой критике подавление волнений, произошедших в августе 1953 года. Спустя несколько недель после этих событий Рейтер умер в возрасте 64 лет от последствий гриппа. После публикации информации о смерти бургомистра многие берлинцы в память об Эрнсте Рейтере, не сговариваясь, выставили в окнах зажжённые свечи. Эрнст Рейтер похоронен на кладбище Вальдфридхоф-Целендорф в Николасзее. Проводы политика собрали более миллиона берлинцев.
Имя Эрнста Рейтера носит площадь в берлинском районе Шарлоттенбург и одноимённая станция метрополитена, рядом с которой находится Технический университет Берлина.