Начальное образование получил в Риге, а в 1845 году поступил в Дерптский университет (ныне Тартуский университет), где обучался медицине. В 1850 году окончил курс со степенью докторанта, через год получил степень доктора медицины и вскоре занял должность прозектора при кафедре анатомии, которую в то время занимал профессор Рейхерт. В 1853 году Эрнст Рейсснер получил право на чтение лекций, а в 1857 году был избран на место профессора анатомии, которое освободилось после отьезда профессора Рейхерта в Бреславль. В 1875 году по состоянию здоровья Эрнст Рейсснер оставил преподавание и в 1878 умер в Рухентальском замке, в Курляндской губернии Российской империи.
За свою краткую научную деятельность Эрнст Рейсснер сделал ряд открытий, которые увековечили его имя. Рейсснер выполнил исследования формирования внутреннего уха изучая эмбрионы птиц и животных. Таким путем он определил отдельные этапы формирования лабиринта внутреннего уха. Это позволило ему установить процесс формирование лабиринта внутреннего уха у людей. В его честь мембрана, отделяющая улитковый (кохлеарный) канал от вестибулярного канала (внутреннее ухо), называется мембрана Рейсснера лат. Membrana vestibularis Reissneri В его честь названа и другая анатомическая структура - волокно Рейсснера , преломления продольных нервных волокон в центральном канале спинного мозга.