Эрнанес — воспитанник школы ФК «Сан-Паулу», в молодёжной системе которого он находился с 2001 года. За основную команду дебютировал в 2005 году, в 2006 году был отдан в аренду в Санту-Андре. В 2008 году Эрнанес был признан лучшим полевым игроком чемпионата Бразилии.
В январе 2009 года был помещён в список наиболее перспективных футболистов мира по версии издания The Times.
6 августа 2010 года подписал 5-летний контракт с итальянским клубом «Лацио». Уже в втором своем матче забил дебютный гол за «Лацио» в ворота «Болоньи».