1970—1980 годы — обучался сначала на архитектурном отделении Пермского строительного техникума, затем на архитектурном факультете Таджикского политехнического института (Душанбе).
После окончания института работал художником в издательстве, затем стал жить и работать при Никольском соборе г. Душанбе.
В 1986 году поступил в Московскую Духовную семинарию, осенью этого же года поступил в братию Свято-Троицкой Сергиевой лавры.
Пострижен в монашество 3 июля 1987 года с именем Панкратий, в честь преподобного Панкратия, затворника Киево-Печерского.
18 июля 1987 года хиротонисан во иеродиакона. 8 июня 1988 года — во иеромонаха.
Нёс послушания, связанные с проведением в Троице-Сергиевой Лавре Юбилейного Поместного Собора Русской Православной Церкви, посвящённого 1000-летию Крещения Руси, затем нёс послушания помощника эконома, а потом — эконома Троице-Сергиевой лавры, руководил возобновлением издательской деятельности Лавры.
17 июля 1988 года возведён в сан игумена. 4 мая 1990 года — в сан архимандрита.
С 18 января 1993 года — наместник Спасо-Преображенского Валаамского монастыря.
С мая 2002 года — председатель Правления Патриаршего Попечительского совета по возрождению Спасо-Преображенского Валаамского монастыря.
Со 2 июня 2005 года — епископ Троицкий, викарий Московской епархии.
Решением Священного Синода от 22 марта 2011 года назначен председателем Синодальной комиссии по канонизации святых.