Предки Цинцендорфа происходили из Нижней Австрии, но приняв протестантизм переселились на север, в Германию. Родители Николая находились под сильным влиянием пиетизма, основоположник которого Филипп Якоб Шпенер стал крестным отцом мальчика. Отец Цинцендорфа, бывший министром в правительстве саксонского курфюрста, умер когда мальчик был еще маленький, и его мать вышла замуж вторично, когда Николаю исполнилось 4 года. Мальчик испытал довольно сильное пиетистское влияние своей бабушки, Катарины фон Герсдорф.
В возрасте 10 лет Николай был отправлен в Галле на обучение в «Педагогиуме», основанном А. Г. Франке (1663—1727). В 1716 году Цинцендорф поступает в Виттенбергский университет и получает степень юриста. По окончании университета совершает путешествие по Западной Европе, благодаря чему знакомится с различными христианскими традициями и приходит к идее соединения под Главою-Христом разнообразия христианской веры.
Услышав о гонениях, которые терпели от католиков чешские братья в Моравии, Цинцендорф отправляет им приглашение переселиться в его поместье Бертельсдорф, которое они с радостью принимают. В 1722 году в этом поместье основывается поселение Гернгут, ставшее надолго центром духовного обновления, социально-религиозной реформы и миссионерской жизни. Община строится на основе вероисповедания Unitas Fratrum и коммунальном принципе хозяйствования. Все неженатые члены общины с десятилетнего возраста живут в двух больших общежитиях (для мужчин и женщин), а молодоженам община помогает обустроить личное хозяйство.
Со временем к общине гернгутеров примыкают лютеране и реформаты, разделяющие их принципы коммунальной жизни. Таким образом графу удается найти вариант воплощения своей идеи христианского единства. Оставаясь формально лютеранином (граф не выходил из Лютеранской церкви, сохраняя единство с ней), в 1737 году епископ Unitas Fratrum Даниел Эрнст Яблонский, внук Яна Амоса Коменского, и епископ моравских братьев в Гернгуте Давид Нитшман посвящают Цинцендорфа в епископский сан. Таком образом Ц. стал вторым епископом Моравской церкви и 64 епископом чешских братьев. Лютеранская церковь признает единство веры с гернгутской общиной, несмотря на некоторые формальные различия в исповедании веры. В свою очередь Ц. от имени Моравской церкви подписывает Аугсбургское исповедание.