В девятилетнем возрасте он начал учиться в Рязанской духовной семинарии и там получил фамилию Полянского — по селу, где родился.
26 августа 1773 года принял монашеский постриг с именем Иннокентий.
1 сентября 1773 года епископом Рязанским Палладием (†1789) произведен во иеродиакона и определен в местную семинарию учителем поэзии, истории и географии, а с 1 января 1774 года — риторики и греческого языка; 25 января рукоположен во иеромонаха и стал вице-префектом семинарии; В 1776 году назначен префектом и учителем философии.
22 июля 1778 года по указу Святейшего Синода он назначен префектом и профессором философии в Санкт-Петербургскую (Александро-Невскую) семинарию.
В августе 1782 года указом Святейшего Синода иеромонах Иннокентий назначен на должность префекта и профессора философии в Московскую Славяно-греко-латинскую академию и назначен игуменом московского Знаменского монастыря.
В середине декабря 1783 года по указу Святейшего Синода переведён в Александро-Невскую семинарию, на должность ректора и профессора богословия.
В 1784 году произведён в архимандрита Зеленецкого монастыря.
В 1785 году был архимандритом новгородского Николаевского Вяжищского монастыря, затем Сергиевой пустыни.
Был катихизатором в Пажеском корпусе и Петровском училище при немецкой кирке.
9 июля 1784 года избран членом Российской Академии и принимал деятельное участие в приготовлении академического словаря, рассматривал правила правописания, составленные Григорьевым.
29 июня 1788 году в присутствии Императрицы Екатерины II в Зимнем Дворце посвящен во епископа Воронежского.
Скончался в Воронеже и погребен в Благовещенском воронежском соборе; надгробное слово и речь при поминовении его произносил протоиерей Евфимии Болховитинов (впоследствии митрополит Евгений).
Библиотека преосвященного Иннокентия была пожертвована в Невскую семинарию, в Московскую академию, в Рязанскую и Воронежскую семинарии, архимандриту Амвросию, ректору Воронежской семинарии и Евфимию Болховитинову.
Памятником литературной деятельности Иннокентия служат: «Избранные поучения преосвященного Иннокентия, бывшего епископа воронежского», собранные и изданные Евфимием Болховитиновым в Воронеже. Иннокентий в течение пятилетнего пребывания в Воронеже произнёс и написал около ста поучений, но по скромности их не печатал; и Евгений с большим трудом восстановил текст его поучений, но не всех, в испещренных вариантами черновых рукописях. Отдельно напечатаны два слова, произнесённые Иннокентием в придворной церкви: в день рождения великого князя Александра Павловича и в день Его тезоименитства. Митрополит Евгений говорит о преосвященном Иннокентии с большим уважением, как об образцовом пастыре и человеке.