Воспитанник «Эвертона» Хибберт дебютировал в основной команде в 2001 году. Через некоторое время стал постоянно играть в основном составе клуба из Ливерпуля.
Конец сезона 2005-06 Хибберт пропустил из-за грыжи, а начало следующего — из-за криптоспоридиоза.
23 октября 2010 года Хибберт продлил контракт с клубом до 2014 года. Хибберт так прокомментировал подписание контракта:
Очень здорово, что я здесь так надолго. Всю жизнь я провел, выступая за «Эвертон». Этот клуб и есть вся моя жизнь, я всегда хотел остаться здесь до конца карьеры. И моя мечта сбылась.— Тони Хибберт.
По состоянию на январь 2011 года провёл более 200 матчей за клуб, но до сих пор не смог забить за команду ни одного гола.