Эммануэль начал свою карьеру в команде «Берлин» из Беренкума. 21 мая 2007 года был включён в команду звёзд Премьер-лиги Ганы. После чего перешёл в состав команды «Берекум Арсенал».
11 июля 2008 года Агеманг-Баду подписал годичный арендный договор с командой «Асанте Котоко».
16 апреля 2009 года перешёл в «Рекреативо», в полугодичную аренду. Но так и не сыграл ни одного матча в Примере.
28 января 2010 года «Удинезе» на своём официальном сайте объявило о покупке Эммануэля. И уже 12 февраля Агеманг-Баду числился в заявке команды на матче с «Миланом», но на поле так и не появился.
Эммануэль представлял свою страну в возрастных категориях до 20-ти и 23-х лет. Его первым матчем в футболке национальной сборной стала игра против сборной Лесото, состоявшаяся 8 июня 2008 года. Участвовал в чемпионате мира среди молодёжных команд 2009 года в Египте (чемпион) и на Кубке африканских Наций 2010 года (финалист).