Всю свою карьеру Исагирре провёл в одном из сильнейших клубов Гондураса «Мотагуа», дебютировав в его составе, в матче чемпионата Гондураса 20 марта 2004 года. Ожидается, что после чемпионат мира 2010 он сменит клуб, и продолжит свою карьеру в английском клубе «Уиган Атлетик».
В национальной сборной Эмилио Исагирре дебютировал 9 февраля 2007 года в матче со сборной Коста-Рики, сыграв за это время в её составе в 44 матчах и забив в них 1 гол. Исагирре принимал участие в чемпионате мира 2010.