Академик АН СССР (28.01.1939). Лауреат Сталинской премии первой степени (1943). Член РСДРП с 1898 года.
Родился в семье ссыльнопоселенцев.
В 1898 году вступил в РСДРП, организовал социал-демократический кружок на Забайкальской железной дороге. В 1901 году — за границей, корреспондент «Искры».
В 1902 году — член Читинского комитета РСДРП.
В 1903 году, находясь на нелегальном положении, член Петербургского комитета РСДРП. Стал одним из руководителей Боевого центра партии. Боевой центр создал хорошо вооружённые формирования, занимавшиеся так называемыми экспроприациями — грабежами банков и частных лиц, средства от которых направлялись на партийные нужды.
Организатор стачки текстильщиков в Ярославле (отсюда псевдоним Ярославский).
Ярославский был участником Революции 1905—1907 годов. Невеста Ярославского, тоже революционерка Ольга Михайловна Генкина (1882—1905), была убита черносотенцами при попытке провоза небольшой партии оружия. Также Ярославский вёл партийную работу в Екатеринославе и Петербурге (редактор газеты «Казарма»); участвовал в 1-й конференции военных и боевых организаций РСДРП в Таммерфорсе, был членом Московского комитета РСДРП и военной организации большевиков, делегатом 4-го съезда партии, делегатом 1-й конференции военных и боевых организаций РСДРП, 5-го съезда партии.
В 1907 году он был арестован и отправлен на каторгу (отбывал в Горном Зерентуе, Нерчинская каторга), затем жил на поселении в Восточной Сибири.
В 1915—1917 годах заведовал Якутским краеведческим музеем.
После февральской революции 1917 года стал членом Якутского комитета общественной безопасности, затем в мае возглавил Якутский совдеп. С июля 1917 работал в Московской военной организации МК РСДРП(б).
Делегат 6-го съезда РСДРП (б).
В дни Октябрьской революции Ярославский — член Московского партийного центра по руководству вооружённым восстанием, член Военно-революционного комитета, первый комиссар Кремля, трусливо бежал из Кремля во время восстания юнкеров.
Ярославский был одним из редакторов московских газет «Социал-демократ» и «Деревенская правда». В 1918 примыкал к группе «левых коммунистов» по вопросу о Брестском мире.
В 1918—1919 годах Ярославский — уполномоченный ЦК РКП(б) по проведению мобилизации в Красную армию, комиссар Московского военного округа.
В 1919—1920 годах — кандидат в члены ЦК ВКП(б).
В 1919—1922 годах — секретарь Пермского губкома, член Сибирского областного бюро ЦК РКП(б). В 1921 году — секретарь ЦК РКП(б). В 1921—1922 годах — член ЦК партии. В 1921 году был государственным обвинителем на процессе Унгерна.
Ярославский Емельян Михайлович был старостой общества бывших политкаторжан, а с 1931 года — председатель Всесоюзного общества старых большевиков и Общества политкаторжан и ссыльнопоселенцев (1929—1935). Был членом редколлегии «Правды», журнала «Большевик», «Историк-марксист», «Безбожник», редактором «Исторического журнала».
В 1923—1930 годах — член Центральной контрольной комиссии (в 1923—1934 годах член Президиума, в 1923—1926 член Секретариата, в 1924—1934 секретарь Партколлегии Центральной контрольной комиссии). Кандидат в члены Исполкома Коминтерна (1928).
В 1934—1939 — член КПК при ЦК ВКП(б).
C 1939 года до смерти — член ЦК ВКП(б).
С 28 января 1939 года — Академик АН СССР по специализации: история. Руководил кафедрой истории ВКП (б) в Высшей партийной школе при ЦК ВКП (б) и лекторской группой ЦК.
Делегат 8—18-го съездов партии; на 8—9-м съездах избирался кандидатом в члены ЦК, на 10-м, 11-м и 18-м съездах — член ЦК партии, на 12—16-м — член ЦКК (в 1923—1934 член Президиума, в 1923—1926 член Секретариата, в 1924—1934 секретарь Партколлегии ЦКК), на 17-м — член Комитета партийного контроля при ЦК ВКП(б).
Ярославский Емельян Михайлович был членом ЦИК СССР, депутатом ВС СССР.
С начала 1930-х Ярославский — активный сторонник Сталина.
На XVII съезде ВКП(б) заявил: «Товарищ Сталин был наиболее зорким, наиболее далеко видел, наиболее неуклонно вёл партию по правильному, ленинскому пути». Ярославский участвовал в подготовке официальной принятой при Сталине версии истории партии — «Краткого курса истории ВКП(б)».
В 1939 году написал книгу «О товарище Сталине». Одну из глав книги Ярославский так и назвал — «Вождь народов». Главная её идея: «Рядом с Лениным, начиная с конца 1890-х годов, и всегда вместе с Лениным, всегда по одной дороге, никогда не сворачивая с этого пути, идёт товарищ Сталин…» (М., 1939. С. 149). В этой книге-панегирике Ярославский несколько раз подчёркивает «беспощадность Сталина к врагам».
Был автором большого числа других подобного рода публикаций по истории Коммунистической партии и революции.
В годы Великой Отечественной войны пламенные статьи и речи Ярославского перед фронтовиками звали бойцов Красной Армии, всех советских людей к стойкости и мужеству, полному разгрому врага.
Е. М. Ярославский умер 4 декабря 1943 года. После смерти был кремирован, прах помещён в урне в Кремлёвскую стену на Красной площади в Москве.
Н. С. Хрущёв вспоминал, что в партии Ярославского называли «советским попом», так как в 1920—1930-е годы он являлся главным авторитетом партии по «церковному вопросу». Ярославский был одним из главных инициаторов и руководителей антирелигиозной политики советского руководства.
В 1918 году в ответ на одну из своих атеистических статей он получил письмо из деревни. Письмо писал некто Петров:
С 1925 года Ярославский — председатель Центрального совета Союза воинствующих безбожников (1925—1943). В 1923 году вышла его книга «О религии».
Именно «организатору безбожного движения» принадлежит ставшая знаменитой в СССР максима: «Борьба против религии — борьба за социализм». Был редактором журналов «Безбожник», «Безбожный крокодил», «Безбожник у станка», под его руководством издавалось множество антирелигиозных брошюр, плакатов и открыток.
Например, одна из карикатур «Безбожника» изображала, как Бог вдувает Адаму душу через клистирную трубку. Одновременно главный атеистический журнал печатал статьи большевистских лидеров, дававшие ориентиры для деятельности местных партийных и советских структур, такие как «…выселение богов из храмов и перевод в подвалы, злостных — в концлагеря» (из статьи Н. И. Бухарина). Журнал «Безбожник» был запрещён к ввозу на территорию Великобритании как «аморальное издание» специальным актом английского парламента.
В конце 1920-х годов Ярославский выступал за запрет на исполнение церковной музыки, в том числе Чайковского, Рахманинова, Моцарта, Баха, Генделя и других композиторов. «В данный момент, — писал Ярославский, — церковная музыка, хоть бы и в лучших её произведениях, имеет актуально-реакционное значение».
Ярославский составлял списки запрещённых книг, в которые вошли произведения Платона, Канта, Вл. Соловьёва, Л. Толстого, Достоевского и др. Такие списки рассылались по библиотекам, где эти книги должны были быть переданы в спецхраны или уничтожены. Все свои действия Ярославский теоретически обосновывал, например: «Толстой в настоящее время, если брать его отрицательное отношение к государству, если взять его отрицательное отношение к классовой борьбе, его враждебность к науке, является выразителем идей и настроений социальных прослоек, не имеющих никакого будущего, политическое значение которых для сегодняшнего дня ничтожно».