Во времена триумфа «Васко» в чемпионате Бразилии и в Кубке Либертадорес Элтон был игроком молодёжного состава. Однако в 2000 году он пробился в основу клуба, который в том сезоне был одним из сильнейших в мире (победа в чемпионате страны, в Кубке Меркосур и финал Клубного чемпионата мира).
В Португалии два сезона отыграл за «Униао Лейрия», после чего в 2003 перешёл в Порту, в составе которого в стал чемпионом и выиграл Кубок и Суперкубок Португалии.