Элиас Эшмол родился в городе Личфилд в графстве Стаффордшир. Его семья занимала определённое положение в обществе, но значительно обеднела к моменту рождения Элиаса. Юный Эшмол посещал школу Личфилдскую начальную школу и был хористом Личфилдского собора. В 1633 году он отправился в Лондон, где стал компаньоном сыновей семьи Пэгит, родственников Эшмолов по материнской линии. В 1638 году с помощью Пэгитов стал солиситором и основал свою практику в Лондоне. В том же году он женился на Элинор Мэйнуорринг, которая происходила из обедневшего аристократического рода. Брак был недолгим, Элинор умерла во время беременности 6 декабря 1641 года.
Во времена Английской революции и гражданской войны Эшмол поддерживал Карла I. С 1642 года Эшмол перебрался в поместье своего тестя в Чешире, где оставался до 1644 года, когда был назначен Королевским сборщиком налогов и податей. Вскоре последовало новое назначение, на этот раз пост начальника службы артиллерийско-технического снабжения в Оксфорде. В свободное от службы время Элиас Эшмол изучал математику и физику в Оксфордском университете.
В это время он начинает проявлять интерес к астрологии, астрономии и магии. В 1646 году, 16 октября Элиас Эшмол был принят в масонскую ложу. В его трудах, опубликованных позднее, чувствуется интерес к розенкрейцерству.