Егор Кончаловский родился в семье кинорежиссёра Андрея Михалкова-Кончаловского и казахской актрисы Натальи Аринбасаровой. По поводу своего происхождения он недавно сказал: «Хочу сделать картину о царице Томирис. Вынашиваю этот исторический проект. Я интересуюсь историей Казахстана. Часть моих корней здесь, на этой земле... Здесь я считаю себя казахом, в России – русским» .
Родители развелись, когда ему было три года, отец уехал во Францию женился на Вивиан Годе, но он был любимым внуком Сергея Михалкова и всегда своим на Николиной горе.
1984—1986 — служба в армии (кавалерийский полк при киностудии «Мосфильм»).
1988—1990 — международная школа St. Clares в Оксфорде, Великобритания.
1990—1991 — Кенсингтонский бизнес-колледж, Лондон.
В 1994 году защитил диплом магистра истории искусств в Кембриджском университете. По образованию искусствовед, специализировался на творчестве Дюрера и Рембрандта.
Одновременно работал ассистентом режиссера у отца А. Кончаловского на картинах «Танго и Кэш» (1989), «Гомер и Эдди» (1989), «Ближний круг» (1991).
С 1997 года — худ. рук. рекламного агентства полного цикла «Prospect Advertising».