Наиболее известен по выступлениям за бразильский клуб «Интернасьонал», за который он играл в 2003—2008 гг. За этот период Эдиньо выиграл множество титулов, включая победы в Кубке Либертадорес и Клубном чемпионате мира 2006 года, а также Южноамериканский кубок 2008.
Во второй половине 2008 года, после ухода из команды Фернандао, Эдиньо был капитаном «Интернасьонала».
С 22 января 2009 года Эдиньо стал игроком итальянского клуба Серии А «Лечче».
В начале 2010 года перешёл в «Палмейрас». Год спустя перешёл в стан действующих чемпионов Бразилии, «Флуминенсе».