В 17 лет Сафарян был внесён в список игроков дубля Котайка, который выступал в неофициальном чемпионате Армении 1995 года Высшей лиги. В следующем сезоне переходит в столичный ЦСКА, откуда, после завершения сезона возвращается в «Котайк», теперь уже в основную команду. Тем не менее, закрепится со второй попытки Сафаряну не удаётся, да и результативность хромает. Переход состоялся в «Эребуни». В 1999 году команда расформировывается и Сафарян был вынужден искать себе новый клуб. Этим клубом стал ереванский «Арарат». В составе гранда армянского футбол Сафарян появился в возрасте 21 года. Именно в этом клубе Сафарян провёл большу часть (с перерывами в 2005 году — «Лернаин Арцах», и в 2007 году — «Гандзасар») своей карьеры. В 2003 году «Арарат» был отстранён от всех турниров проводящихся под эгидой ФФА и УЕФА, из-за отказа делегировать пятерых игроков состав сборной на игру против сборной Израиля. Сафарян остался в клубе и продолжал тренироваться. После периода нестабильности в клубе переезжает в Капан, где заявлется в составе местного «Гандзасара». Отыграв сезон в главном клубе Южной Армении, вновь возвращается в «Арарат».
В феврале 2010 года объявил о завершении игровой карьеры.
Однако из «Арарата» уходить не стал. В клубе Сафарян теперь заниматься тренерской деятельностью. В настоящий момент он является помощник главного тренера — Тиграна Есаяна.