Родился в Копенгагене в состоятельной еврейской семье. Его отец — статистик и историк-экономист Маркус Рубин (1854—1923) — был директором государственной казны Дании с 1902 года и национального банка страны с 1913 года. Троюродный брат лауреата Нобелевской премии по физике Нильса Бора (его мать и мать Бора Эллен Адлер были двоюродными сёстрами). С Нильсом Бором Эдгар Рубин учился в одном классе и они вместе увлекались философией. После учебы в колледже Соломанна изучал философию в университетах Копенгагена. Доктор философии (1915).
В 1916—1918 гг. — доцент Копенгагенского университета, в 1918—1922 гг. — преподаватель. С 1922 года — профессор экспериментальной психологии Университета.
Президент Интернационального конгресса по психологии.
Своей работой «Визуально воспринимаемые фигуры» (1915) о соотношении фигуры и фона он оказал значительное влияние на развитие теории гештальтпсихологии.
Он дал описание субъективных признаков фигуры и фона: фигура, в отличие от фона, представляет собой форму, выступает вперед, она лучше запоминается, а фон кажется чем-то непрерывным, находящимся позади фигуры.
Фигура — воспринимается как предмет, а фон — как материал, изменение одного только фона может привести к тому, что фигура перестанет распознаваться; при этом любая из прилегающих частей может восприниматься и как фигура, и как фон.
Рубин создал классическое изображение обращающихся фигур (, которая кажется то бокалом, то двумя лицами).