Панкаро начал свою карьеру в «Кальяри» в 1992 году. После «Кальяри» в 1997 году он перешёл в «Лацио». Летом 2003 года Панкаро перешёл в «Милан» в обмен на Деметрио Альбертини. В 2004 году он продлил контракт ещё на один год. В 2005 году перешёл в «Фиорентину» на правах свободного агента, а затем в следующем году он переехал в Турин, в «Торино». В следующем сезоне он завершил карьеру в возрасте 35 лет.
Панкаро играл в сборной с 1999 года, но травма не позволила ему поехать на Евро 2004. Всего в сборной он провёл 19 матчей.