К этому времени уже были открыты вещества, играющие роль медиаторов — адреналин, норадреналин, дофамин, ацетилхолин, серотонин. Но свойства этих веществ ещё не были изучены. Очень мало было известно о метаболизме адреналина и норадреналина. Дж. Аксельрод занимался изучением нейромедиаторов после поступления в НИПЗ. Ему удалось выделить два важнейших фермента, отвечающих за распад вышеуказанных медиаторов. Вопреки уже сложившимся представлениям, Аксельрод показал, что конечным этапом передачи нервного импульса с помощью катехоламинов служит их обратное всасывание в пресинаптическое волокно.
Им и его сотрудниками было доказано квантовое выделение норадреналина из накопительных пузырьков. Работы Дж. Аксельрода уточнили механизм действия психотропных веществ, используемых для лечения шизофрении, маниакальных и депрессивных состояний. Он обнаружил, что такие вещества как кокаин и резерпин, участвуют в обмене катехоламинов, изменяя, в частности, содержание медиатора в пузырьках и скорость его выделения. В конце 1960-х годах Аксельрод изучает влияние медиаторов на выработку гормонов. Его работы продвинули исследования причин психических расстройств.
В 1970 году Джулиус Аксельрод был награждён Нобелевской премией по физиологии и медицине (1970, совместно с Бернардом Кацем и Ульфом фон Эйлером) за «открытия, касающиеся гуморальных передатчиков в нервных окончаниях и механизмов их хранения, выделения и инактивации». Также он был награждён Международной премией Гарднеровского фонда, премией Университета Джорджа Вашингтона, удостоен медали Клода Бернара Монреальского университета, награждён премией Альберта Эйнштейна Йешива Университета, премией Торальда Соллмена Американского общества фармакологии и экспериментальной терапии, премией Пола Хоча Американской ассоциации психопатологов. Аксельрод был членом Американской академии искусств и наук (1971), Национальной академии наук США (1971), а также иностранным членом Лондонского королевского общества (1979).