Его друг и соратник в деле борьбы с преступностью, Паоло Борселлино, погиб от рук мафии менее чем через два месяца после убийства Фальконе.
Джованни Фальконе родился в Палермо в зажиточной семье Артуро Фальконе, директора химической лаборатории, и Луизы Бентивенья. После окончания школы Фальконе недолго обучался в военно-морской академии в Ливорно, затем изучал юриспруденцию. В 1964 году он стал работать в судебной структуре. В результате работы магистратом в Лентини, Трапани и других городах, перешёл от гражданского права к уголовному.
В 1970-х Фальконе работал над несколькими уголовными делами, касающимися организованной преступности, а в начале 1980-х стал одним из главных борцов с мафией на Сицилии. В своей работе он достиг значительных успехов, в частности сумел убедить нескольких высокопоставленных мафиози нарушить омерту, «кодекс чести» Коза Ностры, и сотрудничать с властями. Одним из первых таких пентито (информаторов) был Томмазо Бушетта, с 1960-х скрывавшийся в Америке после поражения в войне мафиозных кланов, его показания стали основной обвинения на громком судебном процессе над мафией, в результате которого были признаны виновными 360 человек из 474 обвиняемых.
В 1988 году Фальконе активно сотрудничал с Рудольфом Джулиани, в то время занимавшим должность федерального прокурора Южного округа Нью-Йорка, в делах против мафии, в частности против семьи Гамбино.
В 1992 году Фальконе вместе со своей женой Франческой Морвилло и тремя полисменами: Рокко Ди Чилло, Антонио Монтинаро и Вито Шифани, был убит возле коммуны Капачи на дороге между международным аэропортом Палермо и городом Палермо. Бронированный автомобиль Fiat Croma, в котором ехал магистрат, был взорван мощной бомбой, заложенной у дороги.
Организатором убийства являлся крупный мафиозный босс Сальваторе Риина по прозвищу «Коротышка», а непосредственным исполнителем был его крестник и подручный Джованни Бруска по прозвищу «Свинья». Через два месяца после смерти Фальконе Риина организовал ещё одно громкое покушение, в результате которого был убит другой влиятельный магистрат Паоло Борселлино. После гибели двух наиболее известных в Италии борцов с преступностью, вызвавшей широкий общественный резонанс во всём мире, война с мафией вспыхнула с новой силой, и многие главари Коза Ностры, включая Сальваторе Риину, были арестованы, вследствие чего активность мафии в следующие годы значительно уменьшилась.