Был профессором в Павии.
Родился 3 июня 1723 года в селе вблизи Кавалезе, в исторической области Тироль (сейчас на территории Италии, ранее принадлежала Австрии), в семье адвоката. Получил медицинское образование в Инсбрукском университете.
В 1761 году опубликовал свою известную работу «Отравление ртутью» (лат. De Hydroargyro Іdrіensі Tentamіna). Исследовав растительный и животный мир Крайны, издал книги по её флоре (лат. Flora Carnіolіca, 1760) и насекомым (Entomologіa Carnіolіca, (1763).
В 1769 году получил звание профессора химии и металлургии в Горной академии Шемница (ныне Словакия).
Работал вместе с Ладзаро Спалланцани над доказательством теории, согласно которой жизнь не может самозарождаться, а живые существа происходят от других живых существ.
В 1786 году Скополи описал типовой вид москита Phlebotomus papatasi.
В честь Скополи Н. Жакен назвал род растений семейства Паслёновые — Scopolia Jacq. (Скополия), от которого произошло название и содержащегося в нём алкалоида скополамин.
В честь Скополи также названо несколько видов растений, в том числе Scrophularia scopolii Hoppe ex Pers. (Норичник Скополи).
Труды Скополи по горному делу и металлургии переведены на русский язык А. А. Нартовым.