Отец был мелким предпринимателем и несколько раз продавал свой бизнес. Чтобы обеспечивать семью, мать была вынуждена содержать пансион.
После окончания средней школы попытался работать учителем, однако первый опыт вызвал сильное отвращение к преподавательской работе. По совету матери в 1882 году он поступил в Оберлин-колледж. После окончания колледжа Коммонс учился в университете Джона Хопкинса в штате Мэриленд.
В дальнейшем работал в ряде американских университетов.
С 1904 года — профессор Висконсинского университета. Президент Американской экономической ассоциации в 1917 г. В 1919 г. Коммонс напилал «Промышленную доброжелательность». В работе была идея согласия меджу работниками и предпринимателем через «взаимные уступки».
В работе «Институциональная экономическая теория» (Institutional Economics, 1934) ученый вводит в анализ категории «коллективные действия» и «трансакции» (сделки). Коллективные действия контролируют действия отдельных индивидов, примеряя противоречивые интересы. Они предполагают определенные правовые рамки. Дж. Р. Коммонс прослеживает роль акционерных обществ, профсоюзов и политических партий в установлении согласованных действий индивидов. Он также выделяет три основных вида трансакций: торговые, управленческие и рационирующие. Каждая трансакция включает в себя переговоры, принятие обязательств и выполнение обязательств. Американский ученый также ввел в экономический анализ категорию «группы давления» (к таким группам он относил рабочих и предпринимателей, покупателей и продавцов, фермеров и крестьян, кредиторов и заемщиков и т. п.).
Последняя из работ Коммонса — «Экономика коллективных действий».
Дж. Коммонс предложил «Теорию социальных конфликтов». По ней общество — совокупность профессиональных групп (рабочих, капиталистов. Законодательные правила регулируют равноправные сделки. Нередко в обществе происходят конфликты. Участники сделки — не индивиды, а профсоюзы и союзы предпринимателей. Контролируют приосходящее правовые структуры государства. Государство гарантировало выполнение обязательств по договору.
Дж. Коммонсу принадлежит категория «титул собственности». Чаще всего это относится к неосязаемой собственности (например, операции по продаже ценных бумаг. Сфера обращения по Коммонсу — перемещение титулов собственности.
в 1935 г. был принят «Акт о социальной защищенности». В него внс большую лепту Дж. Коммонс. Этот акт отражал систему пенсионного обеспечения в США.