Джон Николсон родился в Дублине (Ирландия) в семье доктора Александра Джеффри Николсона (англ. Alexander Jaffray Nicholson) и Клары Хогг (англ. Clara Hogg). Благодаря помощи дяди Джеймса Хогга он стал офицером и принял участие в первой англо-сикхской войне (1838—1842). Позднее он поступил на службу в Британскую Ост-Индскую компанию, где он отличился на Северо-Западной границе (en:North-West Frontier) Пенджаба и сыграл выдающуюся роль в подавлении восстания сипаев.