Поддержал ратификацию Конституции и возглавлял партию федералистов в Виргинии. Член Палаты Представителей.
Джон Маршалл является автором выраженной в одном из судебных решений Доктрины открытия, согласно которой народ, открывший новые земли, получает на них право, а аборигены этих земель сохраняют право жить на этой земле, но не владеть ей. Доктрина стала основанием для состоявшегося ещё при его жизни насильственного Выселения индейцев, прежде всего Пяти цивилизованных племён.