Джон Гордон Мелтон родился в Бирмингеме, Алабама, в семье Барнума Эдгара Мелтона и Инез Паркер.
В 1966 году Мелтон женился на Дороти Дадли. От этого брака у него родилась дочь. Брак закончился разводом в 1979 году.
В 1975 году Мелтон получил докторскую степень по истории и литературе в Северо-западном университете в Чикаго. В своей докторской диссертации он провёл обзор 800 религиозных групп, существовавших в то время в США. Проделанные Мелтоном исследования привели к созданию классификационной системы, повсеместно используемой в современном религиоведении.
В одной из своих монографий подробно рассказывал, откуда у него появилась тяга к религиоведению: «по роду деятельности, самым большой страстью в моей жизни это было писать о человеке, которого я никогда не встречал, но который стал моим героем — Элмер Кларк.<…>В то время, как мои сверстники увлекались НЛО, Элвисом Пресли или алабамским футболом в течение всего выпускного года в старшей школе я находился под впечатлением одной из книг Кларка — „Крохотные секты в Америке“. После её прочтения, я возжелал бросить все силы на описание всех американских альтернативных религий».
Также Джон Мелтон является членом совета по научному консультированию редакционной коллегии религиоведческого журнала про НРД — Nova Religio.
Большую часть научного вклада Мелтона составляют публикации и полевые исследования альтернативных и малочисленных религиозных объединений. Взяв за основу труды уважаемого им Элмора Кларка, Мелтон предложил свою, определив сущность учения, количество и место множества различных церквей, господствующих религиозных традиций, новых и альтернативных религий обосновавшихся в Северной Америке.
Его «Энциклопедия американских религий», впервые изданная в 1978 году, стала образцом научной новизны, заменив собой классификацию Кларка, составленную ещё в 1940-х годах.
Также в том же стоит отметить «Биографический словарь руководителей американских культов и сект», «Энциклопедия оккультизма и парапсихологии», «Альманах Нью-эйджа», «Религия прайм-тайма»(в соавторстве с Филлипом Лукасом и Джоном Стоуни).
Мелтон выступил и как автор четырёх разнотематических серий книг: «Церкви вещают», «Культы и новые религии», «Секты и культы в американских библиографических указателях», «Системы религиозного оповещения». Некоторые из этих работ предлагают ценные сведения для изучения истории американских религий и церковной истории.
Джон Мелтон является членом редакций научных журналов, автором или соавтором статей в различных сборниках, справочниках, энциклопедиях и монографиях по теме религии и новых религиозных движений.
Большой вклад был сделан Мелтоном в доскональном сравнении первоисточников религиозных групп и движений. Его методология находится под влиянием изучения церковной истории и феноменологии религии. Мелтон получает данные исследуя первоисточники и встречаясь с руководством или представителями определённой церкви или религиозной группы. Встреча проходит с целью получения вероучительной литературы, а также чтобы уточнить первоосновы учения и и религиозного опыта. Опросник Мелтона содержит вопросы о статистике членства, о заметных событиях в истории и т. д. Все эти подробности заносятся в черновую рукопись, прежде чем облечься в такие работы, как «Энциклопедия американских религий». Мелтон использует религиозные тексты изучаемых групп, как основной костякповествования о них, до того как приступить к научному освещению и осмыслению более общих вопросов о группе — социального, исторического и религиозного.
Джон Мелтон один из известных критиков антикультового движения и некоторых христианских контркультовых организаций, обращая внимание на то, что ещё со времён колоний, многие американские христианские теологи, пасторы, миссионеры и апологеты, ставили вопрос о правомерности существования иных религиозных учений и групп.
Некоторая часть критики Мелтона направлена на имевшую место в светском антикультовом движении концепции промывания мозгов, согласно которой у адептов секты происходит перерождение религиозного сознания и психологическая обработка. В 1970 — 1980-х годах Мелтон был известным противником депрограммирования, поскольку считал что это является нарушение закреплённого в Конституции США гражданские права, одним из которых является свобода совести; а также потому что считал депрограммирование и борьба с промыванием мозгов малодейственны и сомнительны.
Мелтон критически относится к показаниям бывших адептов сект, которых он считает вероотступниками. Выступая на одном судебном процессе в качестве свидетеля-эксперта, Джон Мелтон утверждал, что не следует полностью полагаться на показания бывших адептов, которые, как он считает, настроены скрывать правду, а незначительные происшествия возводить до ужасающих. При этом Мелтон ссылается на исследования Дэвида Бромли и Льюиса Картера, утверждая, что в итоге большинство бывших адептов, заявляемых как лица, нуждающиеся в помощи психолога, определялось, как не нуждающeеся в таковой. По мнению Мелтона это является решающим доказательством непричастности новых религиозных движений к причинению психологического вреда. Это мнение разделяется одними религиоведами, и отвергается другими.
Сам Джон Мелтон возглавляет американское отделение Трансильванского общества Дракулы, хотя оно не отличается постоянной деятельностью, а большинство заявленных членов — члены канадского отделения Общества.
В заключение говорилось, что «теория промывания мозгов научно не доказана», а держится на том, что «это обязательство представить соответствующее применение психологического доказательства в судах, несёт вместе с тем сопутствующее бремя, быть бдительным к тем, кто бы использовал заключение эксперта, испытывающее недостаток в научной и методологической строгости»
В мае 1995 года на ранней стадии полицейского расследования террористического акта с применением отравляющих газов — зарина и VH, который совершила японская секта Аум Синрикё, Джон Мелтон с его коллегой — религиоведом Джеймс Льюис и защитником религиозной свободы Барри Фишером, ездили в Японию, с целью сказать своё слово по поводу арестов членов Аум Синрикё полицией. Они посчитали массовые задержания адептов и изъятие их детей из секты возможным нарушением их гражданских прав. Мелтон, Льюис и Фишер совершили путешествие в Японию по приглашению и с возмещением затрат от Аум Синрикё, после того как они связались с этой группой, чтобы выразить свою обеспокоенность событиями, а также встречались с представителями властей на протяжении трёх дней.
Не будучи допущенными в химические лаборатории Аум Синрикё, Джон Мелтон вместе с сопровождавшими его коллегами, собрали пресс-конференцию, где представили экспертное заключение, основанное на имеющихся у них документах. В заключении утверждалось, что Аум Синрикё не имела возможности изготовить зарин и была выставлена козлом отпущения.
Однако, после того, как стало достоверно известно, что Аум Cинрикё готовила террористический акт и другие преступления, Мелтон пересмотрел свои первоначальные суждения об этой секте. Защита учёными Аум Синрикё привела к кризису доверия к религиоведческое сообществу после того, как виновность Аум Cинрикё в совершённых преступлениях была полностью доказана.