Родился в 1942 году в Чикаго. Страдал от жестокого обращения в семье: отцовской агрессивности и алкоголизма. В девять лет стал жертвой педофила, вхожего в семейный круг.
В 1964 году женился, начал работать управляющим рестораном быстрого питания Kentucky Fried Chicken, принадлежавшем семье его жены. Гейси отличался завидным трудолюбием — каждый день он без устали работал по 12 часов, а иногда и больше. Брак распался после того, как в 1968 году Гейси впервые судили за изнасилование подростка. Гейси был приговорён судом штата Айова к десяти годам лишения свободы, но через 18 месяцев был досрочно освобождён.
Вскоре после освобождения из тюрьмы Гейси переехал в пригород Чикаго Норвуд Парк, в 1971 году купил там дом и занялся строительным бизнесом. В это же время он вступил в Демократическую партию США, стал казначеем благотворительного общества, занимался общественной деятельностью. Одним словом, вел себя как обычный добропорядочный гражданин. Однако, когда летом 1972 года Джон женился на Кэрролл Хофф, он уже был убийцей.
Свое первое убийство Джон Уэйн Гейси совершил 2 января 1972 года, еще до своего второго брака, причем сделал он это совершенно случайно. После очередной бурной ночи со своим гомосексуальным партнером Тимоти МакКоем Джон отдыхал на кровати. Когда Тимоти подошел к нему с кухонным ножом в руке, Гейси сильно испугался и начал защищаться. В ходе завязавшейся драки он убил своего молодого любовника, так как был намного старше и сильнее его. Позже, когда Гейси вышел на кухню и понял, что МакКой просто готовил для них завтрак, он не сильно расстроился из-за этого убийства, потому что получил очень сильное и яркое удовольствие от нахлынувших на него чувств, переполнявших его во время борьбы с жертвой.
Этот, второй и последний, брак тоже продлился недолго — уже тогда Гейси окончательно понял, что гетеросексуальные отношения не для него. В 1975 году Кэрролл оставила мужа наедине со своими извращенными садистскими фантазиями. После развода уже ничто не мешало маньяку всецело и полностью заниматься воплощением в жизнь этих фантазий.
В том же 1975 году Гейси начал выступать на детских праздниках в роли клоуна Пого (Pogo).
Супруги еще не успели до конца оформить документы о разводе, а Гейси уже привел к себе очередного подростка, свою вторую жертву. Во время убийства в дом зашла Кэрролл Хофф, но ничего не увидела. Гейси поспешил убрать тело Джона Бутковича в гараж. Испугавшись, новоиспеченный маньяк затаился на 8 месяцев и все последующие убийства обдумывал более тщательно.
Схема его действий практически всегда была одинаковой: он ездил по вечерам на своем автомобиле и подыскивал жертву — молодого сексуального парня. Потом знакомился с ним, привозил к себе домой, насиловал, избивал и пытал. Это могло продолжаться очень долго. В перерывах между пытками Гейси читал своим жертвам Библию, после чего душил и сбрасывал в подвал или в местную реку, когда подвал уже переполнился.
Иногда жертвы сами приходили к нему домой по объявлению о поиске работников в строительную компанию. Гейси приглашал их на собеседование, после чего набрасывался, связывал и начинал свои игры.
Кровавый азарт и безнаказанность вводили Гейси в экстаз. Ему хотелось испытать еще более сильные ощущения, и он привез в дом сразу двоих. Тела Ренделла Рэффетта и Сэма Степлтона он похоронил в позе 69, вложив им в рот половые члены друг друга. По словам криминалистов, это был далеко не самый извращенный и жестокий акт. И последующие убийства это доказали. Удалось спастись лишь двум его жертвам — Роберту Донелли и Джефри Ригналу, и до сих пор не понятно, почему убийца отошел от своей обычной схемы.
22 мая 1978 года Джефри Ригнал, 26-летний гомосексуалист, подрабатывающий проституцией, вернулся с зимних каникул,проведенных во Флориде, домой, в Чикаго. Он решил прогуляться по городу. Во время прогулки его путь перегородил большой черный автомобиль, водитель которого предложил подвезти его, поболтать, покурить травку. Ригнал с радостью принял предложение прокатиться вместе. Но, не успев проехать и нескольких километров, шофер резко достал тряпку, пропитанную хлороформом, и начал душить Ригнала, в результате чего тот потерял сознание. В течение нескольких часов Ригнал то приходил в себя, то опять терял сознание, пытаясь понять, что же с ним происходит, но, не давая ему прийти в себя, незнакомец вновь перекрывал его дыхательные пути хлороформом. Тем вечером Ригнал подвергся ужасным пыткам и был жестоко изнасилован незнакомцем. Утром следующего дня он пришел в себя под статуей в парке Линкольна, и был сильно удивлен, что незнакомец оставил его в живых. Травмы, нанесенные Ригналу, вынудили его в течение 6 дней превести в больнице, в стенах которой он и поведал полиции об этом инциденте. Наряду с многочисленными порезами и ожогами печени, вызванными хлороформом, Ригнал перенес серьёзную эмоциональную травму.
Но Ригналу тогда не поверили, посчитав его шантажистом. Также вышло и с заявлением Доннели в 1977 году, который состоял на учёте у психиатра. Ведь Джон Уэйн Гейси был казначеем благотворительного общества и оказывал заметную материальную помощь полиции района Норвуд Парк. К тому же, он был членом местной масонской ложи, занимался благотворительностью, посещал больницы и принимал участие в парадах. Не было принято во внимание даже то, что Гейси был судим за сексуальные домогательства к несовершеннолетним.
11 декабря 1978 года пропал 15-летний подросток Роберт Пист, которого в последний раз свидетели видели с Гейси. Мать этого подростка сказала, что он пошел устраиваться на работу к Гейси и после уже не вернулся. Гейси был задержан, ему пришлось провести ночь в полицейском участке. В своей эксцентричной манере он пригласил полицейских к себе домой на чашечку кофе, тогда они в первый раз обратили внимание на странный, специфический запах. После предварительного обыска в его доме были найдены ремни, наручники, фаллоиммитаторы, марихуана, таблетки валиума. Однако полиция не стала проверять подвал и чердак дома, и Гейси был выпущен. На следующий день полиция получила информацию, что в 1977 году некий Донелли обращался с заявлением на Гейси, где жаловался, что был изнасилован Гейси. Также всплыло и заявление Джеффа Ригнала.
Дополнительно полиция сделала запрос в штат Айова по старому делу Гейси 1968 года. Выяснилось, что, будучи управляющим ресторана, он склонял подчинённых к гомосексуальным контактам. Поэтому он был повторно задержан 21 декабря. В это время полиция провела повторный обыск в доме Гейси, на этот раз в подвале.
Спустившиеся без противогазов полицейские едва не потеряли сознание из-за запаха множества трупов, обнаруженных в подвале. 22 декабря ему предъявили обвинение и предложили указать место захоронения жертв. Гейси, не знавший об обыске в его подвале, сообщил что в его гараже залито бетоном тело некого Бутковича.
Из подвала были извлечены тела 29 человек, полиция работала в костюмах противохимической защиты. Некоторые тела лежали в непристойных позах, многим в рот были помещены фаллоимитаторы и половые члены. Однако тело пропавшего недавно Роберта Писта не было обнаружено. Гейси признался, что он утопил в реке тела ещё 4 человек.
Суд начался в феврале 1980 года. 13 марта того же года Гейси был приговорён к смертной казни. Однако Гейси подал четыре апелляции, затягивая приведение приговора в исполнение. Он также написал книгу, где утверждал, что Бог вернул ему гетеросексуальную ориентацию. Гейси рисовал картины, находясь в камере смертников, и продавал их коллекционерам.
Казнён 10 мая 1994 года при помощи смертельной инъекции.