В 2005 г. Меллаарт ушёл в отставку с профессорской должности, в настоящее время живёт в Северном Лондоне вместе с женой.
Родился в Лондоне. Преподавал в Стамбульском университете, был помощником директора Британского института археологии в Анкаре. С 1951 года возглавлял раскопки ряда археологических памятников Турции вместе со своей женой Арлетт, рождённой в Турции. Помог выявить керамику «шампанского стекла» в западной Анатолии, отнросящуюся к позднему бронзовому веку, что, в свою очередь, помогло в 1954 г. открыть Бейджесултан. После завершения экспедиции в 1959 году участвовал в публикации её результатов. В 1964 г. начал читать лекции по археологии в Анкаре.
В 1958 г. Меллаарт сообщил о новых богатых находках в Дораке Сетону Ллойду из Британского института археологии в Анкаре. По его словам, он обнаружил предметы ещё 6 лет назад, но раньше не мог получить разрешения на публикацию. Когда это сообщение опубликовали в газете The Illustrated London News, турецкие власти захотели знать, почему их не поставили в известность и где были обнаружены артефакты.
Меллаарт заявил, что видел сокровища в доме молодой женщины, с которой познакомился в Измире. Женщина якобы не позволила ему фотографировать предметы, но позволила их зарисовать. Оказалось, что её имя — Анна Папастрари — не было в Измире никому известно, а её адрес оказался ненастоящим. В связи с этим турецкие власти лишили Меллаарта визы в связи с подозрением в контрабанде древностей. Позднее Меллаарту разрешили вновь вернуться в страну.
Команда Меллаарта, раскапывавшая Чатал-Хююк в 1961 г., обнаружила более 150 помещений и зданий, некоторые были украшени настенными росписями, штуковыми рельефами и скульптурами. Это был важный памятник, который помог в значительной мере продвинуть знания о ранних поселениях Ближнего Востока.
По мнению Меллаарта, Чатал-Хююк играл важную роль в культе матери-богини. С этим не согласились многие другие археологи, которые даже обвинили Меллаарта в том, что тот сочинил ряд местных мифов в поддержку своей теории. Из-за возникшего скандала турецкие власти закрыли доступ к памятнику, и раскопки возобновились лишь в 1990-е годы.