С 2003 по 2006 он был главнокомандующим силами НАТО в Европе, 32-м главой корпуса морской пехоты США с июля 1999 по январь 2003. Джонс ушёл в отставку 1 февраля 2007 после 40-летней военной службы.
После отставки из корпуса морской пехоты Джонс остался вовлечённым в вопросы национальной безопасности и иностранной политики. В 2007 Джонс был председателем независимой комиссии Конгресса сил безопасности в Ираке, где исследовал возможности иракской полиции и вооружённых сил. В ноябре 2007 госсекретарь США назначил его специальным посланником по вопросам безопасности на Ближнем Востоке. С июня 2007 по январь 2009 он был председателем атлантического совета США, тогда и получил пост советника по национальной безопасности.
Родился в Канзас-сити, штат Миссури. Он сын Джеймса Л. Джонса-старшего, морского пехотинца, получившего награды в ходе второй мировой войны и племянник Уильяма К. Джонса прославленного генерал-лейтенанта морской пехоты, участника второй мировой, корейской и вьетнамской войн. Отец Джеймса был офицером группы наблюдаталей морской пехоты, позднее возглавлял разведывательный батальон амфибий. Джонс-младший провёл свои юные годы во Франции, где закончил американскую школу в Париже, после чего вернулся в Соединённые Штаты для того, чтобы закончить там школу иностранной службы Эдмунда Уолша, Джорджтаунского университета, где он в 1966 получил степень бакалавра. Благодаря своему высокому росту (1.93 m) он играл за баскетбольную команду Georgetown Hoyas.
В январе 1967 Джонс был призван в Корпус морской пехоты, где получил звание второго лейтенанта. В октябре 1967 после окончания базовой школы на базе морской пехоты Куантико, штат Вирджиния он был направлен в Южный Вьетнам, где возглавил взвод а потом роту Golf 2-го батальона 3-го полка морской пехоты. В июне 1968 он получил звание первого лейтенанта.
В декабре 1968 Джонс вернулся в США и получил назначение на базу морской пехоты в Кемр-Пендлтон, штат Калифорния, где до мая 1970 служил ротным командиром. Затем он получил назначение в казармы морской пехоты в Вашингтоне, где до июля 1973 продолжил служить ротным. В декабре 1970 он получил звание капитана. С июля 1973 по июнь 1974 он был студентом военной школы амфибий, университета морской пехоты на базе морской пехоты Куантико.
В ноябре 1974 он получил приказ о назначении в 3 дивизион морской пехоты на базе морпехов Батлер (Окинава, Япония), где он до декабря 1975 командовал ротой Н 2-го батальона 9-го полка морской пехоты.
С января 1976 по август 1979 Джонс служил в управлении назначений офицеров в штабе Корпуса морской пехоты (Вашингтон). В июле 1977 он получил звание майора. Следующим его назначением стало пост офицера связи морской пехоты в Конгрессе США, где он пробыл до июля 1984, его первым командиром был капитан флота Джон Маккейн. В сентябре 1982 его повысили в звании до подполковника.
Кандидатура Джонса была выбрана для учёбы в Национальном военном колледже, Вашингтон. Закончив обучение в июне 1985 он возглавил 3-й батальон 9-го полка 1-й дивизии морской пехоты в Кемр-Пендлтон, Калифорния с июля 1985 по июль 1987.
В августе 1987 Джонс вернулся в штаб Корпуса, где служил старшим адъютантом командующего Корпусом. В апреле 1988 он получил звание полковника, в феврале 1989 стал военным секретарём командующего Корпусом. С августа 1990 командир 24-го экспедиционного отряда на базе морской пехоты Lejeune, Северная Каролина. Командуя 24-м он принял участие в операции Provide Comfort в северном Ираке и Турции. 23 апреля 1992 — бригадный генерал. 15 июля 1992- заместитель командующего европейского командования сил НАТО в Штутгарте, Германия. Начальник штаба гуманитарной операции Provide Promise в ходе её выполнения в Боснии, Герцеговине и Македонии.
Вернулся в США и в июле 1994 произведён в генерал-майоры. Возглавил 2-ю дивизию морской пехоты, атлантического командования морской пехоты. В 1996 директор экспедиционного военного дивизиона, в управлении руководителя военно-морскими операциями, затем он был заместителем начальника штаба планирования, политики и операций штаба морской пехоты в Вашингтоне. 18 июля 1996 — произведён в генерал-лейтенанты и назначен военным помощником министра обороны.
21 апреля 1999 выбран для производства в полные генералы и для назначения 32-м командующим Корпуса морской пехоты. 30 июля 1999 произведён в генералы, пост командующего занял 1 июля 1999. Пребывал на этом посту до января 2003, передав этот пост генералу Майклу Хаге.
Среди многих нововведений на этом посту Джонс пересмотрел развитие камужляжной формы MARPAT (Marine Pattern) и принял программу ближнего боя (Marine Corps Martial Arts Program).
16 января 2003 принял пост главнокомандующего сил НАТО в Европе (он стал первым генералом морской пехоты, занявшим этот пост) и на следующий день занял его.
Вообще военные из корпуса морской пехоты начали занимать столь высокие посты в министерстве обороны лишь сравнительно недавно. С декабря 2006 Джонс стал одним из пяти полных генералов, превосходящих по званию текущего командира Корпуса по старшинству и по званию: другие четверо — председатель объединённого комитета начальников штабов Питер Пейс, бывший командир Корпуса Майкл Хаге, командир стратегического командования Джеймс Картрайт и помощник командующего Роберт Магнус.
На посту главнокомандующего Джонс возглавил центральное командование силами НАТО в Европе которому подчиняются вооружённые силы НАТО в Европе из верховного штаба союзнических сил в Европе, (Монс, Бельгия). 7 декабря 2006 Джонс сдал пост главнокомандующего генералу армии США Джону Крэддоку. Джонс отказался сменить генерала Джона Абизаида на посту главы центрального командования США и 4 декабря 2006 оставил пост главнокомандующего. В феврале 2007 он подал в отставку из Корпуса морской пехоты.
После отставки Джонс стал президентом институт энергии 21-столетия (филиала Торговой палаты США), с июня 2007 был председателем совета директоров американского атлантического совета, в январе 2009 принял пост советника по национальной безопасности президента США. Он был членом ведущей коалиции проекта реформы национальной безопасности и председателем независимой комиссии сил безопасности в Ираке.
Госсекретарь Кондолиза Райс дважды предлагала Джонсу пост своего заместителя после отставки Роберта Золика, но Джонс оба раза отказывался.
25 мая 2007 Конгресс созвал независимую комиссию сил безопасности в Ираке, чтобы в течение 120 дней оценить способности вооружённых сил Ирака и полиции. Джонс был председателем данной комиссии и 6 сентября 2007 сделал доклад Конгрессу с предупреждением о серьёзной неполноценности иракского министерства внутренних дел и национальной полиции.
28 ноября 2007 Райс назначила Джонса специальным посланником по вопросам безопасности на Ближнем Востоке, он работал с евреями и палестинцами, чтобы обеспечить безопасность для обеих сторон.
1 декабря 2008 избранный президент Обама объявил о выборе Джонса на пост советника по национальной безопасности. (Так как советник назначается президентом без одобрения кандидатуры Сенатом). Это стало неожиданностью. По словам Майкла Кроули: "Эти двое [Обама и Джонс] вообще не встречались до того как марк Липперт, помощник Обамы по иностранным делам, до октября Джонс лишь дважды разговаривал с Обамой. «Кроули предполагает, что записи Джонса дают основание считать, что „он не обременён сильными идеологическими склонностями может бесстрастно оценивать идеи откуда они бы не пришли: слева или справа“ и „Возможно поэтому Обама выбрал его“. Джонс также был выбран так как он повсюду уважаем и возможно его способностей хватит на то чтобы управлять другими членами кабинета, людьми престижными и влиятельными. „Он не выступал как ярый противник кого бы то ни было в команде. Хотя он и плохо знает Гейтса у обоих есть опыт длительной работы в аппарате национальной безопасности. Джонс и Хилари Клинтон знакомы более близко, потому что Хилари знакома со многими военными после своей работы в сенатском комитете по вопросам армейской службы. Говорят что они хорошо сработались во время конференции-2005 по вопросам политики национальной безопасности в …Джонс устроил небольшой обед в узком кругу, в числе приглашённых были Хилари Клинтон и сенатор-республиканец от штата Южная Каролина Линдси Грэхем, согласно словам одного из присутствовавших после окончания вечера Джонс увёз Хилари на её машине чтобы поговорить с ней наедине (Отношения Джонса с …остаются под вопросом)“.
После присяги Обамы 20 января 2009 Джонс занял свой пост. 8 октября 2010 Джонс объявил о своей отставки с поста советника по национальной безопасности, его место занял Томас Е. Донилон
Согласно бывшему министру обороны Уильяму Коэну, у которого Джонс служил военным помощником Джонс всегда спокойно ведёт себя и методично решает проблемы, он способен рассматривать вопросы, как со стратегической, так и с тактической точки зрения». Пребывая на посту командира Корпуса Джонс часто подписывал сообщения по электронной почте «стрелок», так как он служил пехотным офицером. Из речи перед морскими пехотинцами в июле 1999 вскоре после принятия должности командующего.
Хорошо, что в Корпусе можно и повеселиться. Я хотел бы сказать, что мы — несовершенные люди, работающие в организации, пытающейся быть совершенной. Это благородное дело, но вы должны понять что здесь нет совершенства. [Ведь всё таки] мы люди.:
Из речи Джонса на 45-й конференции по национальной безопасности в отеле Байеришер Хоф 8 февраля 2009.
Спасибо вам за то, что отдали должное Генри Киссинджеру. Как наиболее недавно избранный советник по национальной безопасности я получаю ежедневные приказы от доктора Киссинджера, которые проходят через генерала Брента Скукрофта и Сэнди Бергер. Мы спаянная команда в нынешнем совете по национальной безопасности.