Уильямс — женат, его жена Анна-Мари Мур (Anna-Marie Moore), они имеют двух сыновей.
Увлечения Уильямса — бег, рыбалка, туризм, лыжи, подводная охота и прогулки по лесу. Его родители, Ллойд (Lloyd D.) и Юнис (Eunice A.) проживают в Винтере, штат Висконсин. Уильямс окончил высшую школу в Винтере (Winter High School), Висконсин, в 1976 году. В 1980 году он получил степень бакалавра в области прикладных наук и техники в военной академии США (U.S. Military Academy). В 1987 году он получил степень мастер науки в области аэронавтики.
Во время учёбы Уильямс занимался в спортивной парашютной команде в Уэст Пойнте (West Point) и получил звания мастера и инструктора парашютиста. В 1980 году, после окончания военной академии США, Уильямс получил звание лейтенанта и был направлен на службу в авиацию. Три года служил в авиационном батальоне в Германии. После службы в Германии, Уильямс получил назначение в Космический центр Джонсона (Johnson Space Center), где он прослужил более четырёх лет. В 1992 — 93 годах проходил обучение в школе лётчиков-испытателей морской авиации. После окончания этой школы, служил лётчиком-испытателем на военно-воздушной базе Эдвардс в Калифорнии.
Уильямс имеет более 2500 часов налёта на 50 различных типах самолётов. С 1987 по 1992 годы Уильямс служил в Космическом центре Джонсона в качестве оперативного инженера при стартах и приземлении шаттлов. В мае 1996 годы Уильямс был выбран НАСА кандидатом в астронавты. Он прошёл двухгодичный курс подготовки к космическим полётам.
Первый космический полёт Джеффри Уильямс совершил, в качестве специалиста полёта, на шаттле «Атлантис» STS-101 с 19 по 29 мая 2000 года. Это был третий полёт шаттла по программе строительства МКС. Целью полёта была — доставка грузов и оборудования на станцию. Во время полёта, 22 мая, Джеффри Уильямс с Джеймсом Воссом совершил выход в открытый космос, который продолжался 6 часов и 44 минуты. Полёт «Атлантиса» продолжался 236 часов и 9 минут. С ноября 2002 года Уильямс проходит тренировки к длительной экспедиции на МКС.
Джеффри Уильямс был дублёром Уильяма Макартура, борт-инженера корабля «Союз ТМА-7» и командира 12-й долговременной экспедиции МКС.
Уильямс проходил подготовку в качестве борт-инженера корабля «Союз ТМА-8». Корабль «Союз ТМА-8» стартовал 30 марта 2006 года с космодрома Байконур, 1 апреля состыковался со станцией. Джеффри Уильямс почти полгода пробыл в составе долговременного экипажа МКС-13, пока 29 сентября 2006 года не вернулся на Землю.
С октября 2009 по март 2010 года находился на МКС в составе 21-го и 22-го долговременных экипажей. На станцию он был доставлен кораблём «Союз ТМА-16» стартовавшим 30 сентября 2009 года. 18 марта 2010 года вместе с Максимом Сураевым совершил посадку в Казахстане на космическом аппарате Союз ТМА-16 и тем самым завершил 22 экспедицию на МКС.