После окончания футбольной карьеры работает организационным менеджером молодёжного сектора «Ювентуса».
Родившись в Латизане, провинция Удине, Пессотто начал свою карьеру в качестве игрока молодёжной команды Милана. В качестве профессионального игрока выступал сразу за несколько итальянских клубов, но по-настоящему родным стал для него чёрно-белый «Ювентус». Что любопытно, до перехода в стан Старой Сеньоры Пессотто провёл два года в рядах злейшего врага чёрно-белых — Торино. Чтобы осмелиться на подобный трансфер, необходимо большое мужество.
Ювентусу Пессотто посвятил целых одиннадцать лет, однако многочисленные травмы на завершающей стадии карьеры вынудили его уступить место в основном составе французу Джонатану Зебина. Но на популярности Пессотто среди болельщиков клуба это практически не сказалось: до сих пор он считается одним из символов Юве, наряду с такими футболистами, как Чиро Феррара или нынешним капитаном Алессандро Дель Пьеро.
Среди самых значимых его достижений — Лига Чемпионов УЕФА сезона 1995/1996 (всего Пессотто четырежды появлялся в финалах ЛЧ), последовавший за нею Суперкубок УЕФА, а также четыре Скудетто (1997—1998-2002-2003) и столько же национальных кубков (1997—1998-2002-2003). В 2000 году Пессотто вместе с Ювентусом победили в розыгрыше Кубка Интертото, что дало им право квалифицироваться в Кубке УЕФА.
Защищая цвета национальной сборной, Пессотто провёл 22 игры, в том числе на чемпионате мира 1998 и Евро-2000. На полях Бельгии и Голландии футболист проявил себя как нельзя лучше, реализовав один из ключевых пенальти в послематчевой серии 1/2 финала против «оранжевых». По итогам турнира Пессотто, как и остальные игроки сборной, стали обладателями серебряных медалей.
27 июня 2006 Джанлука Пессотто выпал из окна офиса «Ювентуса» с 15-метровой высоты, получив серьёзные травмы. В прессе появились предположения о том, что это была попытка самоубийства, связаная с коррупционным скандалом в Серии А, однако позже Пессотто опроверг их, сказав, что происшествие было несчастным случаем.
(Все — в составе Ювентуса)