Как и большинство представителей рода Ханов Нахичеванских, Джафаркули Хан был кадровым военным. Он был зачислен в пажи к Высочайшему двору в июле 1867 года. В июне 1871 года был зачислен в Пажеский Его Императорского Величества корпус. В августе 1874 года был зачислен в младший специальный класс. По завершении обучения в Пажеском корпусе, 10 июля 1877 года произведён корнетом в лейб-гвардии Её величества Уланский полк в Петергоф.
В апреле 1878 года согласно поданному прошению был переведён на Кавказ в 16-й драгунский Тверской полк. Был в составе оккупационного отряда русских войск в крепости Эрзерум.
Участвовал в первой (1879) и второй (1880—1881) Ахал-Текинских экспедициях в составе драгунского Переяславского полка и дивизиона драгунского Тверского полка соответственно. Произведён в штабс-капитаны 24 марта 1881 года и переименован в штабс-ротмистры.
Кавалер орденов Святого Станислава 3-й степени с мечами и бантом (1880) и 2-степени (1882); Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом (1881); Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом (1882). Имел медали тёмно-бронзовую «В память Турецкой войны 1877—1878 гг.», и серебряную «За взятие штурмом крепости Геок-Тепе 12 января 1881 года»
В 1885 году по прошению уволен в отставку с производством в ротмистры.
В 1903 году Джафаркули Хан стал городским старостой Нахичевани. С 1912 по 1917 гг. почётный мировой судья Эриванского окружного суда.
После революции в России возглавил провозглашённую в Нахичевани Аракскую республику. После занятия большевиками Азербайджана ушёл в эмиграцию в Иран.