Содействовал развитию наук и внёс вклад в просвещение Багдада, привлекая учёных мужей из соседней Гундишапурской академии для перевода персидской научной литературы на арабский. Джафару также приписывается то, что он убедил халифа открыть бумагоделательное производство, где использовались секретные технологии, полученные у китайских мастеров, взятых в плен после таласской битвы в 751 году.
В 792 году был назначен правителем западных областей Халифата, но так и не покинул дворца. В 796 году подавлял востание в Сирии. После чего был также назначен губернатором Хорасана, но не вступил в должность. В 797 году отец Джафара, визирь Яхья ибн Халид отбыл в паломничество в Мекку, оставив печать визиря своему старшему сыну, брату Джафара Фадлу, который быстро впал в немилость у халифа. После чего печать перешла к Джафару, назначенному также главой охраны халифа и управляющим монетным двором. В 798 году Джафар стал воспитателем принца Абдаллаха аль-Мамуна, в то время как Фадл был наставником другого принца, первого наследника престола, Аль-Амина.
Несмотря на то, что визирь и халиф долгое время были неразлучными друзьями, в самом начале 803 года Харун ар-Рашид решил покончить с набравшими силу Бармакидами и в ночь с 28-29 января (по другим источникам 1-2 февраля) Джафар был обезглавлен за якобы имевшую место любовную связь с сестрой халифа Аббасой. Имущество всего семейства было конфисковано. Более тысячи человек казнили, а тело самого Джафара было вывешено на всеобщее обозрение на мосту через реку Тигр в Багдаде. Резня семейства Бармакидов нашла своё отражение в сказках Тысяча и одной ночи.
Персонаж Джафара, наряду с халифом Харуном ар-Рашидом, появляется в нескольких сказках цикла Тысячи и одной ночи, часто в качестве главного действующего лица. Например в «Трёх яблоках» Джафар, как детектив, расследует дело об убийстве и пытается найти виновного.
Однако, современные произведения представляют визиря в образе злодея и колдуна: