Самаранч родился 17 июля 1920 года в Барселоне, Испания, в богатой семье. В детстве занимался хоккеем на роликовых коньках. Во время гражданской войны в Испании он был призван санитаром в Республиканские силы в 1938 году, в возрасте 18 лет. Поскольку он был политическим противником Республики, то вскоре бежал во Францию. Но быстро вернулся в националистическую Испанию и поступил в франкистскую Фалангу.
1955—1962 годы — советник по спорту Муниципального совета Барселоны.
Неоднократно возглавлял испанскую делегацию на всевозможных событиях, связанных с олимпийским движением, и был назначен на должность председателя Олимпийского комитета Испании диктатором Франсиско Франко в 1966 году. В том же году Самаранч стал членом МОК.
В 1967 году — национальный делегат по физическому воспитанию и спорту.
С 1973 года — председатель Провинциального совета Барселоны.
С 1974 по 1978 годы занимает пост вице-президента МОК.
С 1977 по 1980 годы занимает пост Чрезвычайного и Полномочного Посла Испании в СССР и Монголии.
Хуан Антонио Самаранч был выбран Президентом МОК в канун Московской Олимпиады-80. В своих действиях он неоднократно высказывал поддержку Москве.
За вклад в олимпийское движение король Испании в 1991 году присвоил Самаранчу титул маркиза (дона).
16 июля 2001 года избран Почётным пожизненным президентом МОК.
20 апреля 2010 года Самаранч был доставлен в госпиталь Барселоны с диагнозом острой сердечной недостаточности. 21 апреля он скончался.
По окончании летних Олимпийских игр 1980 в Москве, 6-й президент МОК лорд Килланин был смещен с поста согласно истекшему сроку правления МОК, и Самаранч был избран преемником.
Во время своего правления Самаранч сумел сделать олимпийское движение финансово самостоятельным, организовав спонсорство мероприятий и договорные телевизионные трансляции, приносящие большие суммы в бюджет МОК. Невзирая на бойкот летних Олимпийских игр 1984 года Советским Союзом и странами Восточного блока, число стран-участниц Олимпийских игр постоянно росло от мероприятия к мероприятию, также рос и уровень атлетов, состязавшихся в соревнованиях — за счет повышения общего уровня и планок вхождения в число атлетов-представителей стран.
Правление Самаранча было безусловным спасением для МОК, практически погибшего финансово во время кризиса 1970-х, когда был даже момент, когда город-организатор игр (Денвер) отказался их принимать в 1976 году. До этого все финансовые траты в одиночку несла принимающая сторона — Олимпийский Комитет той страны, в которой проходили игры. Во многом, именно факт поисков финансовой поддержки и факт допуска к играм только спортсменов-профессионалов послужил противникам Самаранча на руку, дав старт слухам об излишней коммерциализации Олимпийского движения и послуживший причиной обвинения его в коррупции.
Именно во время правления МОК Самаранчем было введено правило обращения к нему, как к председателю МОК, «Ваше Превосходительство». Также всегда Самаранча повсюду встречал и провожал лимузин с шофером и ожидали президентские номера гостиниц в любом городе, где бы и когда бы он ни появился. Так, во время остановки президента в швейцарской Лозанне в год на его проживание тратилось приблизительно 500 000 долларов США.
В историю Олимпийского движения Хуан Антонио Самаранч вошёл как человек, возродивший начинавшее угасать олимпийское движение.
1 декабря 1955 года женился на Марии Терезе Сализакс (26 декабря 1931 года — 16 сентября 2000 года). У супругов двое детей. Сын — Хуан Антонио (член МОК). Дочь — Мария Тереза.
В 1998 году Х. А. Самаранчу была присуждена награда Всемирной ассоциации издателей филателистических каталогов, альбомов и журналов (АСКАТ) «Гран При 1998».