Вырос в рабочей семье: отец — стекловар, мать — фармацевт.
В 1995 году с отличием окончил тренерский факультет Российской академии физической культуры. Учился в Институте повышения квалификации работников радио и телевидения.
С 1997 по 2000 год работал на телеканале ТВЦ ведущим новостей спорта. Параллельно был комментатором канала Eurosport.
С 2000 года — спортивный комментатор телеканала «Россия». Ведущий спортивных новостей в информационной программе «Вести», со-ведущий канала «Доброе утро, Россия!» (2002—2005). Ведущий программ: «Сборная России», «Неделя спорта с Дмитрием Губерниевым», «Биатлон с Дмитрием Губерниевым». В 2010 году вёл интеллектуальное шоу «Кто хочет стать Максимом Галкиным?» на канале «Россия-1».
С 2006 года — член Общественного совета Молодой гвардии Единой России.
Мастер спорта по академической гребле. Первый взрослый разряд по лыжным гонкам.
Был женат на экс-чемпионке мира по лёгкой атлетике, бегунье Ольге Богословской. Сын — Михаил, родился в 2002 году.
Является болельщиком ФК «Динамо-Москва»
28 августа 2011 года во время перерыва матча «Спартак» — ЦСКА прозвучали высказывания, которые были отнесены многими в адрес Вячеслава Малафеева:
Дмитрий Губерниев, совместно с коллегой по репортажу, также упомянул убийство «студента Агафонова» у ночного клуба и «Марину, когда она погибла… когда она удирала». При этом комментаторы были уверены, что все микрофоны выключены (позднее, при обсуждении данного эпизода в эфире программы Минаев LIVE, прозвучала версия о том, что Д. Губерниеву было известно о том, что происходит в эфире и куда идёт сигнал трансляции). Звук транслировался в прямом эфире на интернет-трансляцию. Позже сам Губерниев, комментируя данный эпизод, настаивал, что не высказывал что-либо в адрес жены Вячеслава Малафеева — Марины Малафеевой.
Сам Малафеев заявил, о том, что не оставит это дело просто так.
В интервью газете БалтИнфо Губерниев заявил:
Руководство петербургского «Зенита» направило официальное письмо с просьбой дать оценку произошедшему сразу в три организации: РФС, РФПЛ и телеканал «Россия-2».
17 февраля 2012 года Вячеслав Малафеев подал на Дмитрия в суд.