Родился в семье Косьцянского старосты Юзефа Хлаповского. Учился в коллегии пиаров в Рыдзине. Изучал военное искусство в Берлинской артиллерийской академии. Когда в 1806 году стала близиться война Пруссии с Наполеоном, отец Хлаповского исключил его из списков прусской армии, и Хлаповский поступил в ряды польского войска, которое сформировалось после разгрома пруссаков под Иеною и Ауэрштедтом и занятия Берлина Наполеоном. Служил в 9-м пехотном полку армии Герцогства Варшавского. Был награждён орденом Почётного легиона. Во время осады Данцига попал в плен к прусскам. Был освобожден после заключения Тильзитского мира в 1807.
Летом 1808 был вызван в Париж и назначен адъютантом Наполеона. Участвовал в испанской и австрийской кампаниях Наполеона. Произведен в бароны империи. В 1811—1813 командовал легкоконным полком. Раненый в битве при Людене, он вышел в отставку, возвратился в свое родовое имение и занялся сельским хозяйством.
Побывав в 1818—1819 в Англии и Шотландии с целью ознакомиться с состоянием тамошнего земледелия, Хлаповский постепенными преобразованиями сделал свое имение образцом для польских помещиков. В 1821 женился на Антонине Грудзинской, сестра которой Иоанна была женой великого князя Константина Павловича.
Принял участие в восстании 1830 года, а после подавления мятежа снова возвратился к сельскому хозяйству. Заключенный прусским правительством за участие в восстании в Штетинскую крепость, Хлаповский написал здесь сочинение о земледелии («О Rolnictwie»), которое считается одним из лучших произведений польской агрономической литературы.