В 1942 году окончил Азербайджанский Индустриальный Институт им. Азизбекова. В 1968 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1980 году докторскую по теме «Особенности развития архитектуры древнего Азербайджана. Ее связи и взаимовлияния со странами Древнего Востока» . Заведовал кафедрой «Архитектурные конструкции и реставрация памятников» Азербайджанского Инженерно-Строительного Института. Архитектор более 100 зданий в Азербайджане и России .
В 1983 году Ахундовым была выдвинута гипотеза, что типичные памятники армянского средневековья — хачкары, происходящие с территории современного Азербайджана (Нагорный Карабах, Нахичевань и разделяющая их армянская область Сюник) являются на самом деле «творениями дохристианских мастеров Кавказской Албании», а запечатленные на них сюжеты имеют «митраистическое или зороастрийское происхождение», которым он дал наименование «хачдаши» (от азербайджанского «даш» - «камень») . В 1985 году на всесоюзном археологическом конгрессе в Баку Ахундов выступил с докладом, в котором озвучил эти идеи, что спровоцировало скандал. Армянская делегация заявила о готовности покинуть конференцию, ленинградские ученые оценили доклад Ахундова как псевдонаучную политическую акцию. Археологи Филип Коль (англ. ) и Гоча Цецхладзе считают, что этот доклад был преднамеренной политической провокацией и преследовал цель создания заведомо ложного культурного мифа . Как отмечали в дальнейшем российские и армянские критики, Ахундов попросту либо не знал, либо умышленно игнорировал хорошо известные особенности христианской иконографии, объявляя эти сюжеты митраистическими, а также просмотрел армянские надписи на изученных им «хачдашах» .
По выражению российского специалиста А. Л. Якобсона, «митраистский туман обволакивает почти все памятники, которых касаются авторы <Д. А. Ахундов с соавтором М. Д. Ахундовым>, не говоря уж об их обобщениях».
Окончательное завершение концепция «хачдашей» получила в книге Ахундова «Архитектура древнего и раннесредневекового Азербайджана» (редактор Н. И. Рзаев, рецензент 3. М. Буниятов) .
Виктор Шнирельман отмечает, что Ахундову принадлежит концепция государства Каспиана, которая представляла собой промежуточное звено между Манной и Кавказской Албанией. Ахундов сконструировал никогда не существовавшую народность «албан-ариан» и нарисовал картину культурной преемственности от неолита до средневековья. Как отмечает Шнирельман, оперируя сомнительными сведениями источников и собственными рискованными предположениями, Ахундов представлял Азербайджан богатейшей страной городов ещё в начале I тыс. до н. э., таким образом определяя азербайджанцев, как прямых потомков кавказских албанов, и находя прямую преемственность между албанами и древнейшими местными культурами, представив азербайджанцев создателями одной из ранних цивилизаций на планете . Ахундов переместил столицу древней Кавказской Албании на территорию Баку, а Апшеронский полуостров объявил мифической страной авестийских ариев — Арьяна Вайджа.