От протестантства он перешёл к социнианскому учению, потом, переселившись в Голландию, обратился к арминианству. Задавшись мыслью положить конец постоянным раздорам, возникающим среди христиан на почве догматических разногласий, он создал собственную религиозную систему, положив в её основу принцип терпимости, разум и авторитет Святого Писания; ему казалось, что это учение должно объединить все существующие секты. Вокруг Цвиккера сгруппировалась немногочисленная секта, именовавшая себя «терпимыми». С другой стороны, он создал себе множество врагов и под конец жизни, разочаровавшись в успехе своей системы, бросил всякую пропаганду.
Цвиккер написал до 50 полемических сочинений, частью напечатанных, частью оставшихся в рукописи. Главные из них: