С его приходом к власти в 2000 году закончилось более чем полувековое правление Гоминьдана на Тайване.
Чэнь Шуйбянь был избран на второй срок в 2004.
В 2006 году вокруг Чэнь Шуйбяня и его семьи разразился скандал с обналичиванием поддельных чеков на авиабилеты и прочие товары и услуги. В Тайбэе проходили многотысячные и многодневные демонстрации с требованиями отставки президента, однако Чэнь Шуйбянь не ушёл со своего поста.
В начале 2008 партия Чэня проиграла парламентские выборы, после чего он ушел в отставку с поста руководителя партии. 20 марта 2008 года состоялись очередные президентские выборы, на которых победу одержал кандидат от Гоминьдана Ма Инцзю.
11 ноября 2008 года Чэнь Шуйбянь был арестован по обвинению во взяточничестве и отмывании денег. Через некоторое время состоялся суд, который признал его виновным по всем пунктам обвинения: растрата государственных средств, отмывание денег и получение взяток, и приговорил к пожизненному заключению. 11 июня 2010 года тайваньский суд заменил пожизненное заключение двадцатью годами лишения свободы.