Родился в Испании в селении Бельмонте около Калатаюда в семье доктора. У него было три брата и сестра. Будущего писателя ещё с детства предназначели к духовной карьере, что было так обычно для тогдашней Испании. В 1619 году в Таррагоне становится послушником иезуитского ордена.
В 1623 году в Сарагосе изучает теологию. В 30 лет ведёт курс «моральной теологии» в каталонской Лериде, а в 32 года начинает читать курс философии в иезуитской коллегии Гандии (Валенсия). Начало литературного творчества Грасиана относится к 1636 г., когда он переехал в Уэску — один из культурных центров Арагона, где получил должность проповедника и исповедника местной иезуитской коллегии. Уже через год выходит его первое значительное произведение, моральный трактат «Герой», который с интересом был встречен в Испании и в Европе. Поскольку в те времена существовал запрет для членов ордена иезуитов печатать что-либо без предварительного одобрения начальства, своё сочинение Грасиан издал под именем своего двоюродного брата Лоренсо Грасиана.
В 1657 году после выхода в свет III Части «Критикона», ректор сарагосской коллегии выносит публичный выговор Бальтасару, его лишают кафедры, запрещают преподавать, высылают из Сарагосы, и приговаривают к строгому покаянию — на воде и хлебе. Последний год жизни Грасиана был переполнен унижениями, бедами и отчаянием.
«Склонность к меланхолии, желчный характер, вечно раздражённый, всеми недовольный, язвительный критикан» — отзыв современников (из обязательных доносов друг на друга в иезуитском ордене).
В России Грасиана публиковали в период 1742—1792 г. — потом 200-летний перерыв. Благодаря Артуру Шопенгауэру, в Германии, начиная с 1861 года уже было 14 переизданий.