В 1186 году женился на Марии (1174—1204), дочери графа Генриха I Шампанского.
Унаследовал Фландрию после смерти матери 15 ноября 1195 года и Эно — после смерти отца 18 декабря того же года. Хотя принёс оммаж французскому королю Филиппу Августу, но выдвинул притязания на земли (в частности, Артуа), переданные французской короне в качестве приданого его сестры Изабеллы, первой жены этого короля. В связи с этим оказывал поддержку английским противникам Филиппа, королям Ричарду Львиное Сердце и Иоанну Безземельному. По договору с Филиппом Августом в Перонне в 1200 году Балдуин вернул себе часть земель Артуа.
После того как в 1204 году крестоносцами был захвачен Константинополь, стал 16 мая 1204 года императором Латинской империи.
Поссорился с болгарским царём Калояном. 14 апреля 1205 года латиняне потерпели поражение недалеко от Адрианополя, и Балдуин попал в плен к болгарам.
Умер в конце 1205 года в заключении в Тырново, Болгария.
В средневековой болгарской столице Тырново до сих пор сохранились крепостные ворота, носящие название «Френские ворота». Считается, что недалеко от них находилась башня, в которой жил до конца своих дней пленённый латинский император.