В 1991 году Айенгар был награждён орденом «Падма Шри», а в 2002 году — орденом «Падма Бхушан». В 2004 году Айенгар вошёл в список ста наиболее влиятельных людей года по мнению американского журнала «Time».
Айенгар родился в бедной семье и детство его было трудным. Родная деревня Айенгара в Карнатаке, Беллур, во время его рождения сильно пострадала от пандемии испанского гриппа. В результате, Айенгар вырос слабым и больным, страдая от недоедания и таких болезней, как малярия, тиф и туберкулёз. Когда Айенгару было девять лет, умер его отец.
В возрасте 15 лет, Айенгар переехал жить в Майсур к своему зятю, известному йогу Шри Тирумалаю Кришнамачарье. Там он научился практиковать асаны, что заметно улучшило его здоровье. Вскоре он смог полностью поправить своё слабое здоровье.
В 1937 году Кришнамачарья вдохновил Айенгара отправиться в Пуну и начать преподавать там йогу. В Пуне Айенгар совершенствовал свои практики, проводя по много часов в день обучаясь различным техникам и экспериментируя с созданием своих собственных. По мере того, как методы Айенгара совершенствовались, к нему приходило всё больше учеников и слава о нём начала распространяться по всей Пуне и за её пределы. В 1943 году братья Айенгара познакомили его с девушкой по имени Рамамани, на которой он и женился.
В 1952 году Айенгар познакомился и подружился с известным скрипачом Иегуди Менухиным, который помог ему отправиться преподавать йогу в Европу: Англию, Францию, Швейцарию и другие страны. Впервые в истории большое количество западных людей познакомились с практикой йоги. Постепенно йога приобрела на Западе большую известность, в чём немалая заслуга Айенгара.
В 1966 году была опубликована книга Айенгара «Light on Yoga», которая стала международным бестселлером и была переведена на 17 языков. Эта книга, которую часто называют «Библией йоги», сыграла ключевую роль в том, что йога стала известна по всему миру. Затем Айенгар написал книги о пранаяме и других аспектах философии йоги. В общей сложности, Айенгар является автором 14 книг.
В 1975 году Айенгар основал в Пуне «Мемориальный институт йоги Рамамани Айенгара», посвятив его памяти своей умершей жены. В 1984 году он официально прекратил преподавание йоги, но продолжает быть активным в мире айенгар-йоги, занимаясь написанием книг. Дочь Айенгара Гита и сын Прашант также получили известность как учителя айенгар-йоги.
В 2005 году Айенгар посетил США, где презентовал свою новую книгу, «Light on Life», и дал специальный курс йоги на конференции в штате Колорадо, организованной «Yoga Journal».
Айенгар дважды посетил Россию — первый раз в 1989 году, второй раз в 2009 году.