Айаан Хирси родилась в 1969 г. в Сомали в мусульманской семье. Её родители были вынуждены бежать из страны из-за политических репрессий, получили с семьёй вид на жительство в Кении. По некоторым сведениям, отвергаемым её семьёй, в 1992 году отец Хирси пытался принудительно выдать её замуж за дальнего родственника, проживающего в Канаде, но она отказалась, за что родственники обещали отомстить ей с целью «защитить честь семьи». Достоверно лишь то, что в этом же году она через Германию уехала в Нидерланды, где получила убежище по гуманитарным основаниям (а впоследствии — гражданство).
Айаан Хирси закончила Университет Лейдена, где изучала политические науки. Много лет проработала переводчиком в нидерландских юридических и иммиграционных ведомствах.
В августе 2002 г. опубликовала книгу «Фабрика сыновей», в которой подвергла критике традиционные исламские взгляды на место женщины в обществе. В 2003 г. заявила, что жизнь пророка Мухаммада не соответствует современным представлениям о нравственности, так как он, в частности, был женат на несовершеннолетней (жене пророка Аише было, по разным данным, от 6 до 14 лет). Призывала к закрытию мечетей, в которых распространялась книга о правилах физического наказания женщин.
В начале 2006 А. Хирси удостоена звания «Европеец года». В 2006 году право Хирси занимать должность депутата было поставлено под сомнение в связи с тем, что она получила убежище и гражданство на основании ложных показаний — страной прибытия названо было Сомали вместо Кении, год рождения 1967 вместо 1969, а фамилия Али вместо Маган. В этом Хирси призналась ещё 5 лет назад, мотивируя своё поведение безвыходностью её тогдашней ситуации. В итоге А. Хирси сложила депутатские полномочия и была лишена нидерландского гражданства. И хотя вид на жительство за ней остался, она объявила о своём выезде в США.
В 2006 г. Хирси Али переселилась в США, где работала в Американском институте предпринимательства. Однако была вынуждена вернуться в Нидерланды, так как власти США отказались оплачивать меры по обеспечению её безопасности. В октябре 2007 г. Али было предоставлено убежище в Дании.
Хирси Али планирует снять фильм «Покорность 2», посвящённый терактам исламистов в европейских странах. Она заявила, что если фильм снят не будет, «террористы будут и дальше верить, что смогут добиться цели путём насилия». По её словам, её не остановит даже угроза её жизни.
Владеет нидерландским, сомалийским, арабским, суахили, амхарским и английским языками.