Окончил Уфимскую гимназию (1911), физико-математический факультет Казанского университета (1917). Собирался посвятить жизнь научной и педагогической карьере.
В 1917 году вернулся в Уфу, где давал частные уроки по математике. В 1918 году стал преподавателем физики в Промышленно-экономическом техникуме (бывшее коммерческое училище), где работал до 1922 (с перерывом на 1919—1920). С 1921 года также преподавал во 2-й советской школе Уфы. Большое влияние на него оказал епископ Андрей (Ухтомский), в 1919 рукоположивший его во диакона (их знакомство состоялось в 1916). Весной 1922 года был пострижен в монашество, рукоположён во иеромонаха и возведён в сан игумена.
28 ноября 1922 по благословению епископа Андрея тайно хиротонисан епископами Марком (Боголюбовым) и Трофимом (Якобчуком) в Уфе во епископа Староуфимского, викария Уфимской епархии. Его называли «ночным» епископом, потому что его хиротония совершалась ночью. Впоследствии его хиротония была признана Патриархом Тихоном. Участвовал в борьбе против обновленческого движения. Даже будучи епископом, продолжал преподавательскую деятельность.
30 декабря 1922 арестован. Обвинён в том, что «будучи служителем Религиозного Культа, продолжал занимать должность преподавателя во 2-й Советской школе 2-й ступени, тем, нарушая Конституцию РСФСР… Будучи преподавателем советской школы, старался под видом просвещения молодежи провести религиозные цели». В реальности власти опасались влияния умного и образованного епископа на свою паству в условиях, когда большевики всячески стремились усилить позиции обновленцев.
16 мая 1923 приговорен к трём годам ссылки, которую отбывал в Зырянском крае (Коми). По данным ОГПУ, «устраивал на квартире разные церковные церемонии» (видимо, речь идёт о домашней церкви, в которой служил ссыльный епископ). В 1926 освобождён из ссылки и вернулся в Уфу. 16-19 октября 1927 организовал в Уфе Съезд староцерковного клира и мирян — сторонником владыки Андрея (Ухтомского). По решению съезда на период отсутствия в Уфе архиепископа Андрея назначен временно управляющим Уфимской епархией.
В 1927 (или весной 1928) арестован и приговорен к трём годам ссылки. Сослан в Челябинск, а затем в Ульяновск. Принадлежал к «катакомбной церкви», возглавлявшейся архиепископом Андреем. Вёл активную церковную деятельность. Например, в 1928 обратился к чувашским верующим с письмом, в котором призывал их: «помните и знайте, что теперь нужно с особенной твердостью беречь святую веру и святыя предания, переданные нам от апостолов и святых отцов, а потому и вы устраивайтесь сами и избирайте себе сами достойного епископа, а не ждите пока к вам пришлют какого-нибудь обновленца, который придет и разрушит у вас всякое церковное дело». Чувашские православные, не признававшие власть митрополита Сергия, были объединены в «Союз православной церкви», участники которого в 1929 году признали своим архиереем епископа Аввакума. Их стали называть «аввакумовцами».
В 1931 году арестован в Ульяновске и 8 сентября того же года тройкой при ПП ОГПУ СССР по Средне-Волжскому краю осуждён на 10 лет ИТЛ. По этому делу к такому же сроку лишения свободы был осуждён священник Василий Григорьевич Анисимов, рукоположённый владыкой Аввакумом. Его дочь Евгения Васильевна Михайлова позднее вспоминала: «Что я помню о Владыке Аввакуме со слов отца как о человеке? Был он начитан, грамотен, на любой каверзный вопрос давал точный ответ, был строгий — тихоновец — безбожную власть не любил, но никогда и никому не советовал ни мстить, ни вредить, а относиться к власти, как заслуженной от Бога в наказание за грехи».
С апреля 1932 года находился в заключении в Беломорско-Балтийском лагере, где работал чертёжником, затем руководителем грунтовой группы в центральной лаборатории.
В 1937 году арестован в лагере. Обвинён, в частности, в том, что «отбывая меру соц. защиты в ББЛАТ’е з/к Боровков группировал вокруг себя з/к, служителей религиозного культа, с помощью последних систематически распространял антисоветскую агитацию об экономическом состоянии СССР, говоря, что: „Идея коммунизма — это обман, угнетенные национальности как были в кабальном рабстве, так и остались“, „властям да повинуйтесь, но это повиновение должно быть формально, помимо своей души“». 20 сентября 1937 тройкой НКВД Карельской АССР был приговорён к расстрелу. 15 октября 1937 расстрелян вблизи станции Медвежья Гора в урочище Сандормох.