Родился в погосте Родике Осташковского уезда Тверской губернии 18 сентября 1801 года. Окончив курс Тверской семинарии, а затем Санкт-Петербургской духовной академии, принял пострижение, рукоположён 21 ноября 1829 года в иеромонахи и отправился в Китай, в составе 11-й Пекинской духовной миссии, начальником которой был архимандрит Вениамин. С дороги Аввакум писал очень любопытные письма, потом частью напечатанные. Прибыв в Пекин 20 ноября 1830 г., Аввакум был откомандирован служить в русской церкви Успения Богоматери, прихожанами которой были потомки пленных албазинцев, составлявшие русскую роту манджурской гвардии Богдыхана. Для детей прихожан этой церкви устроено было училище, где Аввакум, выучившись по-китайски, начал преподавать арифметику, географию и православное вероучение. С 1836 года по воскресным дням, отслужив обедню, он говорил по-китайски проповеди, причём ссылки на текст из прочитанного евангелия, в нескольких экземплярах, раздавал слушателям. Следуя инструкции, Аввакум занимался в Китае исследованием конфуцианской и буддийской религий, изучив языки манджурский, монгольский и тибетский при помощи тибетского ламы. Под руководством последнего Аввакум к концу 1840 года перевёл на тибетский язык «Евангелие от Луки», а на китайский, для чтения паствы своей Успенской церкви, кроме поучений, церковных песнопений и молитв, — сочинение Мансветова: «Черты деятельного учения веры» (1839 г.). Со знанием четырёх языков, употребляемых туземными писателями в Китае, Аввакум занялся собиранием известий о древних обитателях Манджурии и южной Сибири и также о походах монголов в Россию и Венгрию. Кроме того, он собирал известия по истории Кореи и географии Китая, вообще интересуясь вопросами о проповедниках христианства до иезуитов и о племенах Индо-Китая, обитающих около границ Срединной Империи. Почтенные труды миссионера постоянно обращали на себя внимание Министерства Иностранных Дел. Когда начальник миссии, архимандрит Вениамин, по болезни, просил уволить его от должности до истечения определённого 10-летнего срока, и на прошение его последовало согласие, иеромонаху Аввакуму предписанием азиатского департамента от 3 июня 1865 года поручено было принять должность начальника миссии до окончания срока пребывания её в Пекине. В 1837 г. Аввакуму пожалован орден св. Анны 2-й ст., а по возвращении из Китая оставлен весь получавшийся за границей оклад в 1200 руб. в постоянную пенсию и, кроме того, 800 руб. как жалованье на службе азиатского департамента, где он в первое же время по приезде занялся составлением каталога редких восточных рукописей, собранных последовательно в библиотеку, в количестве 609 нумеров. За составление каталога Мин. Иностр. Дел ходатайствовало о возведении Аввакума в архимандриты, что и было исполнено в 1844 г., с назначением членом спб. духовной консистории и духовной цензуры. Кроме каталога — этого капитального, оцениваемого только знатоками труда, — Аввакум поместил несколько заметок в «Записках сибирского отдела Имп. Русск. Геогр. общества». В Китае Аввакум доказал свои знания пекинским ученым, по случаю открытия в гор. Боадинь-фу древней надписи, иссеченной на камне непонятными знаками. Обратились к Аввакуму, представив снимок с загадочных письмен, и он разобрал надпись, сделанную на древнем монгольском языке. В 1852 г. Аввакум был командирован, в качестве переводчика китайского языка, в состав экспедиции генерал-адъютанта Путятина, имевшей целью завязать первые сношения с Японией. Во время экспедиции Аввакум исполнял также обязанности священнослужителя на фрегате «Паллада». После двухлетнего плавания, в июле 1854 г., вследствие изменившихся обстоятельств, по случаю разрыва с Англией и Францией и вследствие изменения первоначального плана плавания эскадры, по перемещении команды фрегата «Паллада» на берег, Аввакуму разрешено было возвратиться в Санкт-Петербург сухим путем через Сибирь. По засвидетельствованию генерал-адъютанта Путятина об отличных трудах Аввакума, ему присвоена была степень архимандрита первоклассного монастыря. Но по возвращении в Санкт-Петербург, в половине следующего 1855 года, Аввакум снова был командирован, через Морское Министерство, в качестве переводчика в Иркутск, в распоряжение генерал-губернатора Восточной Сибири генерал-лейтенанта Муравьева, поднявшего в то время вопрос о присоединении к России Амурского края и требовавшего переводчика для сношений с Китаем. Пробыв два года в усиленных занятиях в Восточной Сибири, Аввакум в начале 1857 года, по приглашению генерал-адъютанта графа Путятина, присоединился к его миссии, имевшей назначение в Китай. В течение 1857— 58 гг. Аввакум принимал деятельное участие в дипломатических переговорах с китайцами, происходивших во время и после окончания военных действий англичан и французов в Китае, и находился также при заключении Тянь-тзиньского трактата 1 июня 1858 года. В этом же году он был награждён орденом св. Владимира 2-й степени. Из экспедиции графа Путятина Аввакум воротился вверх по Амуру в Иркутск. Но уже в следующем 1859 году он должен был, за неимением других переводчиков, сопровождать графа Муравьева в экспедицию его в Японию, предпринятую с целью переговоров об острове Сахалине. Только в 1860 году Аввакум окончательно вернулся в Петербург и с тех пор жил в Александро-Невской лавре, занимаясь переводами.
Умер 10 марта 1866 года. Похоронен на лаврском кладбище, подле задней стены церкви Св. Духа. Почитатели воздвигли ему надгробный памятник с русской и китайской надписями.
После Аввакума остались две рукописи (судьба которых неизвестна), переведённые с китайского: «Любомудрие китайцев» и «Нравственная философия китайцев».
Превосходная характеристика Аввакума помещена H. A. Гончаровым в дополнительной главе к сочинению его: «Фрегат Паллада». «Каталог» Аввакума, напечатанный без имени составителя, в типогр. Праца в 1843 г. (8°, 102 нумер. и 2 ненумерованных страницы). Описанные в каталоге рукописи разделены на 6 отделений, пять — по языкам, на которых они писаны, а 6-е отделение карт географических и астрономических, в числе 19 нумеров. Рукописи и книги относятся к языкам: китайскому (395 нумеров), манджурскому (60 нумеров), монгольскому (42 нумера), тибетскому (75 нумеров) и санскритскому (16 нумеров).