Окончил Олонецкую духовную семинарию (1893), Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1902).
Овдовев, принял монашество.
С 28 августа 1920 — епископ Кронштадтский, викарий Петроградской епархии (хиротонию возглавил митрополит Вениамин (Казанский)). В 1922 арестован по делу «о сопротивлении изъятию церковных ценностей». Был одним из обвиняемых на процессе митрополита Вениамина и других петроградских церковных деятелей, приговорён к расстрелу, который был заменён пятью годами заключения. 30 ноября 1923 освобождён.
С 9 января 1924 управлял Олонецкой епархией, в феврале 1924 — декабре 1925 — Петроградской епархией. Активно боролся с обновленческим движением, был решительным противником компромиссов с обновленцами, за которые выступала часть патриархийного духовенства, включая известного ленинградского протоиерея Николая Чукова. Издавал антиобновленческие воззвания, адресованные духовенству и мирянам Петроградской епархии. Когда по настоянию епархиального совета владыка Венедикт встретился с обновленческим иерархом Николаем Платоновым, то заявил, что
без разрешения центра он вступить в переговоры не имеет права и, что следует сначала Синоду договориться с митрополитом Петром Крутицким. Да и говорить о примирении нет особой надобности: желающие мира всегда могут получить его, покаявшись в своих заблуждениях.
18 декабря 1925 был вновь арестован по делу «нелегального Совета епископов». 26 апреля 1926 приговорён к трём годам ссылки в Сибирь. Находясь в ссылке, поддержал Декларацию Заместителя Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), содержавшей далеко идущие уступки советской власти.
В апреле 1929 освобождён из ссылки, жил в Нижнем Новгороде.
С 1931 — управляющий Вологодской епархией (с титулом епископа Кронштадтского).
4 апреля 1933 возведен в сан архиепископа.
С 16 июня 1933 года — архиепископ Вологодский, а с 5 октября 1933 — архиепископ Новгородский, с 7 декабря 1936 — архиепископ Казанский и Свияжский.
28 февраля 1937 был арестован в Казани, приговорён к высшей мере наказания и расстрелян в Ленинграде.