Имеет гражданство Республики Молдова с 25 ноября 2001 года.
В 1978 году окончил среднюю школу.
В 1983 — исторический факультет Ивановского ГУ.
С июля 1983 года по июль 1984 года — старший иподиакон епископа Ивановского и Кинешемского Амвросия (Щурова).
В 1984 году поступил в Московскую Духовную Семинарию.
В 1985—1986 гг. служил в Вооружённых силах СССР в Читинской области.
В 1986—1988 старший иподиакон ректора МДАиС епископа Дмитровского Александра (Тимофеева).
24 марта 1988 года был пострижен в монашество архимандритом Алексием (Кутеповым).
С 1988 года обучался в Богословском институте Бухареста (Румыния), который окончил в 1992 году со степенью магистра богословия; тема дипломной работы — «История русских старообрядцев-липован в Румынии».
В 1991 году работал референтом Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата.
1 сентября 1995 года в московском Донском монастыре был хиротонисан во епископа Дубоссарского, викария Кишинёвской епархии.
6 октября 1998 года был назначен епископом новообразованной Тираспольской и Дубоссарской епархии.
25 февраля 2008 года был возведён в сан архиепископа.
8 марта 2009 года, в праздник Торжества Православия, владыка Юcтиниан (Овчинников) восстановил спустя 140 лет (поимённое упоминание в чине Торжества Православия имён государственных преступников было отменено в 1869 году) традицию анафематствования гетмана Ивана Мазепы по чину, составленному в 1708 году митрополитом Стефаном (Яворским).
С 5 марта 2010 года освобождён от должности управляющего Тираспольской и Дубоссарской епархией и назначен управляющим Патриаршими приходами в США, викарием Московской епархии и архиепископом Наро-Фоминским.